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生命科学系データベースアーカイブ

Autophagy Database

データベースの説明

データベース全般

info 名称 Autophagy Database
info 名称の読み方 オートファジーデータベース
info 別名 -
info DOI 
info 作成者 
作成者氏名:
菅原 秀明*
作成者英名:
Hideaki Sugawara
作成者所属:
国立遺伝学研究所
作成者の文献検索:
作成者氏名:
本間 桂一
作成者英名:
Keiichi Homma
作成者所属:
国立遺伝学研究所
作成者の文献検索:
info 連絡先 

〒411-8540　静岡県三島市谷田1111
創薬等支援技術基盤プラットフォーム情報拠点　情報・システム研究機構　国立遺伝学研究所
E mail: autophagy address

info データベース分類 タンパク質配列データベース
代謝系/シグナル伝達経路-タンパク質・タンパク質相互作用
構造データベース-タンパク質構造
info 生物種 

ショウジョウバエ、マウス、ヒト、出芽酵母を含む以下の生物種。
原生生物 3種
菌類 19種
植物 5種
無脊椎動物 12種
脊索動物 8種
哺乳類 22種

info データベースの説明 

オートファジーデータベースは、多数の生物種におけるオートファジー関連タンパク質とそのホモログの情報を提供するデータベースである。

まず出芽酵母・ヒト・マウスにおいて実験的にオートファジー関連と示されたタンパク質を網羅的に収集した後、真核生物種におけるオーソログ、ホモログを同定し、機能、配列、立体構造、分子間相互作用などの情報や独自の実験解析結果を加えて公開している。関連論文リストは日々更新している。

info データベースの特長・有用性・活用方法 

オートファジー関連のタンパク質とそのホモログをキーワードで検索し、機能や立体構造などの情報を見ることができる。
またオートファジーの進行過程において必須なリン脂質であるホスファチジル・イノシトール3リン酸 (PI3P) に結合する可能性のあるタンパク質のリストも提供しており、それらのタンパク質の機能などの情報を見ることができる。

info データベースの利用許諾 CC 表示-継承 詳細
info 予算的背景・プロジェクト 
名称:
文科省「ターゲットタンパク研究プログラム (2007-2011)
課題ID:IPC1 ターゲットタンパク研究情報プラットフォームの構築運用
info 論文等 
文献名:
The Autophagy Database: an all-inclusive information resource on autophagy that provides nourishment for research.
著者名:
Homma K, Suzuki K, Sugawara H.
雑誌名/掲載年月/号:
Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39(Database issue):D986-90.
外部リンク:
 

データベースのオリジナルサイト情報

info データベース運用場所 

info オリジナルサイト 
info 運用開始年月日 2010/04/12
info 最終更新年月日 2014/08/26
info 統括サイト 
info データの一括ダウンロードサイト 
info 参照先データベース 

NCBI Protein, NCBI Nucleotide, NCBI Entrez Gene, NCBI UniGene, UniProt, PDBj, PubMed, GTOP

info 一覧表示 有り
info クエリ検索 有り
info Webサービス 無し
info WebサービスURL -
info ユーザ登録 無し