このデータベースについて

Protein List

データ説明

データ名

Protein List

DOI

10.18908/lsdba.nbdc01196-001

データ内容の説明

オートファジー関連タンパク質とそのホモログのリスト。

データファイル

データファイル名 :

autophagy_protein.zip

データのURL :

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/autophagy/LATEST/autophagy_protein.zip

ファイルサイズ :

10.4 MB

簡易検索URL

http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/autophagy_protein

データ取得方法

・オートファジーに関する雑誌やレビューからの抜粋。
・オートファジー関連タンパク質のオーソログ探索を行った論文からの抜粋。
・上記のタンパク質に対して配列による相同性検索 (PSI-BLAST) を行ったの結果、ホモログである可能性があるもの。(閾値 1e-100 以下)

解析方法

データ件数

21,767 件

データ詳細

項目名	項目の説明
Organism	タンパク質を生成する生物種の学名 (一般名)
Function	タンパク質の機能
Cluster	タンパク質の機能グループごとに割り振られた番号
Symbol	遺伝子シンボル
Synonyms	遺伝子シンボルの別名
Gene Name	遺伝子名
Other Name	遺伝子名の別名
Gene ID	NCBI Entrez Gene データベースにおける遺伝子のID
Nucleotide	NCBI Nucleotide データベースにおける遺伝子のID (バージョン付きアクセション番号)
GI	NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (遺伝子情報番号)
Protein	NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (バージョン付きアクセション番号)
Genomic	当該遺伝子を含むNCBI Nucleotide データベースのゲノムのエントリ
UniProt	UniProt のアクセション番号
Description	UniProt に記載されているタンパク質の名前
PDB Structure	PDB ID。構造がターゲットタンパク研究プログラムで決定されたものである場合、PDB ID の左側にターゲットタンパク研究プログラムのロゴが表示される。
Predicted Location	WoLF PSORT を用いた細胞内局在予測の結果
Complex	タンパク質複合体が形成される場所や複合体の名称
Interaction	当該タンパク質と相互作用するタンパク質のリスト
Interaction (Human)	当該タンパク質のヒトにおけるオーソログと相互作用するヒトのタンパク質のリスト
VaProS	VaProS (構造生命科学分野のデータクラウド) へのリンク (簡易検索サイトのみ)
Function (UniProt)	UniProt に記載されているタンパク質の機能についての説明
UniGene	NCBI UniGene データベースにおけるEST 配列のID
Related Papers	関連する文献のPubMed ID
Dichot ID	Dichot のID
Predicted Disordered Region	DICHOT 法 (Fukuchi et al. 2009, BMC Struct Biol. 9:26) で予測された天然変性領域
Sequence	アミノ酸配列