出芽酵母における完全長cDNAクローンの5'末端配列の塩基配列、及びクオリティ値

データ説明

データ名:

出芽酵母における完全長cDNAクローンの5'末端配列の塩基配列、及びクオリティ値

データ内容の説明:

Vector-capping methodによる出芽酵母完全長cDNAライブラリーから作成した完全長cDNAクローンの5'末端配列、及びPhredソフトウェアによる配列クオリティ値、及びSGD、dbEST、UCSC Genome Browserへのリンク。 SGDへのリンクは、ゲノムマッピングされたcDNAのみにある。 dbEST、UCSC Genome Browserへのリンクは、その内、5'端が完全なcDNAのみにある。 SGDへのリンク数は、51,027、dbEST、UCSC Genome Browserへのリンク数は、31,847、cDNA総数は83,706。 CSV形式のテキストファイル。

データファイル:

データファイル名:	yeast_seq_qual.zip
データのURL:	ftp://ftp.dbcls.jp/archive/yeast_cdna/LATEST/yeast_seq_qual.zip
ファイルサイズ:	59.9MB

簡易検索URL:

http://togodb.biosciencedbc.jp/budding_yeast_cdna_sequencing_project

データ取得方法:

塩基配列：シーケンシング

クオリティ値：Phredによるベースコール

解析方法:

データ件数:

83,706件

データ詳細

項目名	項目の説明
Clone ID	クローンID、SGDにおけるName
Link to SGD	ゲノムマッピングされたcDNAのクローンIDを元にした、SGD（Saccharomyces Genome Database, http://www.yeastgenome.org/）へリンク。リンクはTogoDB版にあり、アーカイブファイルでは、Clone IDのみ。
Link to dbEST	5'端が完全なcDNAのGenBankのアクセッションを元にしたNCBIのdbESTへリンク。リンクはTogoDB版にあり、アーカイブファイルでは、アクセッションのみ。
Link to UCSC Genome Browser	5'端が完全なcDNAのGenBankのアクセッションを元に、UCSC Genome Browserへリンク。リンクはTogoDB版にあり、アーカイブファイルでは、アクセッションのみ。
Sequence	出芽酵母の完全長cDNAクローンの5'末端配列データ。FASTA形式
Quality	Phredのクオリティ値

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出芽酵母における完全長cDNAクローンの5'末端配列の塩基配列、及びクオリティ値

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