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生命科学系データベースアーカイブ
RMOS

Rice8987 Array: PCR check

データ説明

info データ名 Rice8987 Array: PCR check
info DOI 
info データ内容の説明 

Rice8987マイクロアレイ（f_array/Full insert version）に使用されたクローンについてPCR check結果等をまとめたリスト

info データファイル 
データファイル名:
rmos_8987pcrcheck.csv.zip
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/rmos/LATEST/rmos_8987pcrcheck.csv.zip
ファイルサイズ:
96.3 KB
info 簡易検索URL 
info データ取得方法 

第１期イネゲノムプロジェクトにより集められた約４万クローンの中から選び出された８９８７クローンを使用し、PCRとゲル電気泳動によってユニーククローンかどうかを調べました。

info 解析方法 

3' UTRのチェックにはUpper primerとLower primer (Rice8987Corresponding Table (f_g_primer参照)) を、インサート全長 (Full) の場合はM13 RV primer とM4 primer (TAKARA) を使用してPCRを行いました。ゲル電気泳動によって増幅断片の大きさと個数をチェックしました。

info データ件数 

9,216 件

データ詳細

項目名項目の説明
Element No. (Glass) エレメント番号 (アレイgrass上の位置情報：「アレイパターンとクローン配置」参照)
Clone name クローン名
Dplate PCRチェックを行う際に使用したDestination Plate名
Dplate Pos. PCRチェックを行う際に使用したDestination Plate上の位置
PCR products check (Full inserts)

PCR産物のチェック結果（Full inserts）
・空欄：結果は予測バンド位置と一致
・no : no band
・m : multiband
Accession (5') DDBJ アクセッション番号（5'末端）
Accession (3') DDBJ アクセッション番号（3'末端）