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このデータベースについて

Rice8987 Array: PCR check

データ説明
データ名
Rice8987 Array: PCR check
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00194-005
データ内容の説明
Rice8987マイクロアレイ(f_array/Full insert version)に使用されたクローンについてPCR check結果等をまとめたリスト
データファイル
データファイル名 :
rmos_8987pcrcheck.csv.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
96.3 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rmos_8987pcrcheck
データ取得方法

第1期イネゲノムプロジェクトにより集められた約4万クローンの中から選び出された8987クローンを使用し、PCRとゲル電気泳動によってユニーククローンかどうかを調べました。

解析方法

3' UTRのチェックにはUpper primerとLower primer (Rice8987Corresponding Table (f_g_primer参照)) を、インサート全長 (Full) の場合はM13 RV primer とM4 primer (TAKARA) を使用してPCRを行いました。ゲル電気泳動によって増幅断片の大きさと個数をチェックしました。

データ件数

9,216 件

データ詳細
項目名 項目の説明
Element No. (Glass)

エレメント番号 (アレイgrass上の位置情報:「アレイパターンとクローン配置」参照)

Clone name

クローン名

Dplate

PCRチェックを行う際に使用したDestination Plate名

Dplate Pos.

PCRチェックを行う際に使用したDestination Plate上の位置

PCR products check (Full inserts)

PCR産物のチェック結果(Full inserts) ・空欄:結果は予測バンド位置と一致 ・no : no band ・m : multiband

Accession (5')

DDBJ アクセッション番号(5'末端)

Accession (3')

DDBJ アクセッション番号(3'末端)