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このデータベースについて

Rice1265 Array: PCR check

データ説明
データ名
Rice1265 Array: PCR check
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00194-004
データ内容の説明
Rice1265マイクロアレイ(Full insert version)/(3'UTR version)に使用されたクローンについてPCR check結果をまとめたリスト
データファイル
データファイル名 :
rmos_1265pcrcheck.csv.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
11.7 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rmos_1265pcrcheck
データ取得方法

パイロット実験としてRGP(rice genome research program)のcDNAコレクションの中から1265クローンを選び出し、PCRとゲル電気泳動によってユニーククローンかどうかを調べました。

解析方法

3' UTRのチェックにはUpper primerとLower primer (Rice8987Corresponding Table(f_g_primer参照)) を、インサート全長 (Full)の場合はM13 RV primer とM4 primer(TAKARA)を使用してPCRを行いました。ゲル電気泳動によって増幅断片の大きさと個数をチェックしました。

データ件数

1,269 件

データ詳細
項目名 項目の説明
Element No. (Glass)

エレメント番号 (アレイgrass上の位置情報:「アレイパターンとクローン配置」参照)

Clone id

クローンID

96 Plate

PCRチェックを行う際に使用した96 Plateの番号

Position

PCRチェックを行う際に使用した96 Plate内での位置

PCR products check (3'UTR)

PCR産物のチェック結果(3'UTR) ・空欄:結果は予測バンド位置と一致 ・no : no band ・m : multiband

PCR products check (Full)

PCR産物のチェック結果(Full inserts) ・空欄:結果は予測バンド位置と一致 ・no : no band ・m : multiband

Accession id 1

DDBJアクセッション番号 1

Accession id 2

DDBJアクセッション番号 2