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データ説明
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データ名
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カスタムアレイとコマーシャルアレイの比較表
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00194-003
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データ内容の説明
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イネ完全長cDNAクローンについて22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイ上へのスポットの有無
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データファイル
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データファイル名 :
rmos_22karray_difflist.csv.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
103 KB
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簡易検索URL
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http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rmos_22karray_difflist
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データ取得方法
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以下のデータを元にクローンを選出しています。
・29,100 Rice full-length cDNA clone Library
28,850 Probe (60mer) 2002年10月設計
- Mapping 26,915
- TU (Transcriptional Unit) 19,109
・22K カスタムアレイ (Rice Oligo Microarray ver.1) 21,938 Probe
- Mapping 20,211
- TU 18,324
・22K コマーシャルアレイ (Rice Oligo DNA Microarray Agilent Technologies G4138A) 21,495 Probe
- Mapping 20,660
- TU 19,109
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解析方法
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リスト内の記号
u: 22Kカスタムアレイ上に存在するクローン
o: 22Kコマーシャルアレイ上に存在するクローン
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データ件数
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29,100 件
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データ詳細
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項目名
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項目の説明
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| Accession |
DDBJアクセッション番号 |
| Custom_CM_alllist |
22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイのいずれかの上に存在するクローン 22,723件 |
| Custom_CM_diff |
22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイ間で、有無が異なるクローン 2,013件 |
| Custom_list |
22Kカスタムアレイ (Rice Oligo Microarray ver. 1) のクローン 21,938件 |
| Custom_CM_add |
データ更新に伴うMappingによりTUが増加したクローン 785件 (22Kカスタムアレイへ追加) |
| Custom_CM_delete |
22Kカスタムアレイ上から削除したクローン 1,228件
・データ解析より: 340件 同一TU、同一アノテーションであり、クロスハイブリを起こす可能性がある。
・10種類のハイブリ実験結果とデータ解析により: 888件 ゲノムにマップされず、植物アノテーションを持たない、なおかつ発現量が低いもの。 |
| Custom_CM_common |
22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイ間で共通したクローン 20,710件 |
| CM_list |
22K コマーシャルアレイ (Rice Oligo DNA Microarray Agilent Technologies G4138A)のクローン 21,495件 |
| HitAccession |
クローンの配列を使用してBlastでヒットした配列のDDBJアクセッション番号 |
| Blast Type |
BLASTN / BLASTX |
| Definition |
HitAccessionに付記されたアノテーション |
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