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このデータベースについて

カスタムアレイとコマーシャルアレイの比較表

データ説明
データ名
カスタムアレイとコマーシャルアレイの比較表
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00194-003
データ内容の説明
イネ完全長cDNAクローンについて22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイ上へのスポットの有無
データファイル
データファイル名 :
rmos_22karray_difflist.csv.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
103 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rmos_22karray_difflist
データ取得方法

以下のデータを元にクローンを選出しています。
・29,100 Rice full-length cDNA clone Library
 28,850 Probe (60mer) 2002年10月設計
 - Mapping 26,915
 - TU (Transcriptional Unit) 19,109
・22K カスタムアレイ (Rice Oligo Microarray ver.1) 21,938 Probe
 - Mapping 20,211
 - TU 18,324
・22K コマーシャルアレイ (Rice Oligo DNA Microarray Agilent Technologies G4138A) 21,495 Probe
 - Mapping 20,660
 - TU 19,109

解析方法

リスト内の記号
u: 22Kカスタムアレイ上に存在するクローン
o: 22Kコマーシャルアレイ上に存在するクローン

データ件数

29,100 件

データ詳細
項目名 項目の説明
Accession

DDBJアクセッション番号

Custom_CM_alllist

22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイのいずれかの上に存在するクローン 22,723件

Custom_CM_diff

22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイ間で、有無が異なるクローン 2,013件

Custom_list

22Kカスタムアレイ (Rice Oligo Microarray ver. 1) のクローン 21,938件

Custom_CM_add

データ更新に伴うMappingによりTUが増加したクローン 785件 (22Kカスタムアレイへ追加)

Custom_CM_delete

22Kカスタムアレイ上から削除したクローン 1,228件
・データ解析より: 340件 同一TU、同一アノテーションであり、クロスハイブリを起こす可能性がある。
・10種類のハイブリ実験結果とデータ解析により: 888件 ゲノムにマップされず、植物アノテーションを持たない、なおかつ発現量が低いもの。

Custom_CM_common

22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイ間で共通したクローン 20,710件

CM_list

22K コマーシャルアレイ (Rice Oligo DNA Microarray Agilent Technologies G4138A)のクローン 21,495件

HitAccession

クローンの配列を使用してBlastでヒットした配列のDDBJアクセッション番号

Blast Type

BLASTN / BLASTX

Definition

HitAccessionに付記されたアノテーション