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このデータベースについて

QTL情報

データ説明
データ名
QTL情報
DOI
10.18908/lsdba.nbdc01234-001
データ内容の説明
代表的QTL情報です。代表的QTLは、463件の論文に由来する1051件のQTL情報から構成されています(2008年3月31日現在)。
データファイル
データファイル名 :
qtaro_sjis.zip (Shift JIS)
データのURL :
ファイルサイズ :
89 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/qtaro
データ取得方法

下記文献検索サイトで得たイネのQTL研究に関する論文1214件から、5096件のイネQTL情報を得ました。
・PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez)
・HighWire (http://highwire.stanford.edu/)
・Jstage (http://www.jstage.jst.go.jp/browse/-char/ja)
・the Rice Genetics Newsletter (http://www.gramene.org/newsletters/rice_genetics/).

解析方法

取得したイネQTL情報に対して、統計上検出された遺伝子座間相互作用あるいは遺伝子×環境間相互作用のQTLは排除しました。さらに染色体上の同一カ所に検出されたQTLを整理し、QTL物理位置の同じ形質名を持ち同じインターバルに検出されたQTLを統一することによって、冗長性の少ない代表的QTL情報を得ました。

データ件数

1,051 件

データ詳細
項目名 項目の説明
id

QTLのID番号

QTL/Gene

QTLの名称

Major category

量的形質の主要カテゴリ

Category of object character

形質のカテゴリ

Character

形質

Marker

マーカーの種別

No. of marker for position determination

位置決定に用いたマーカーの数

Chr

染色体の番号

Genome start

ゲノム上のQTLの開始位置

Genome end

ゲノム上のQTLの終了位置

Mapping method

マッピング方法

Population

植物の母集団

No. of plants

植物の数

LOD

ロッドスコア

Parent A

親品種A

Parent B

親品種B

Direction (Parent)

方向

a) Physical

物理マッピングのマーカー

b) Fine1; interval

微細マッピングの隣接マーカーA

b) Fine2; interval

微細マッピングの隣接マーカーB

b) Fine3; co-segregated

微細マッピングの近接マーカー

c) Interval1; interval

区間マッピングの隣接マーカーA

c) Interval2; interval

区間マッピングの隣接マーカーB

c) Interval3; co-segregated

区間マッピングの近接マーカー

d) Co-segregated

近接マーカー

Explained variance

説明分散

Additive effect

相加効果

Year

由来する文献の年次

Reference source

文献検索方法以下の3種の方法で検索している。・Jsa (Jstage)・Pha (PubMed, HighWire)・RGN (Rice Genetics Newsletter)

Reference no.

由来する文献情報の整理番号 (Reference sourceごとに1から振った値)

Reference

書誌

Reference location

文献のURL