このデータベースについて
Cluster (ラン藻)
| データ説明 | |||||||||||
データ名
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Cluster (ラン藻) | ||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc01194-02-005.v002 |
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バージョン
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データ内容の説明
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NCBI Reference Sequenceデータベースから取得したラン藻のアミノ酸配列を配列間のBLASTによる網羅的なホモロジー情報に基づいて各系統群ごとにクラスタリングしたデータ。各系統群では1つのアミノ酸配列は必ず1つのクラスターに所属する。 | ||||||||||
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データファイル
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データファイル名 :
pgdbj_ortholog_db_cyanobacteria_cluster.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
8.2 MB
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簡易検索URL
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http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/pgdbj_ortholog_db_cyanobacteria_cluster | ||||||||||
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データ取得方法
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Protein (ラン藻)のデータを使用。 |
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解析方法
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NCBI Taxonomyデータベースから取得した生物種間の系統関係を遡る方向に下位系統群でのクラスター（subcluster）を併合して上位系統群でのク ラスター（supercluster）を再帰的に生成している。 |
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データ件数
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1,095,715 件 |
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| データ詳細 | |||||||||||
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