|
データ説明
|
データ名
|
Protein (緑色植物)
|
DOI
|
10.18908/lsdba.nbdc01194-02-001.V002
|
バージョン
|
|
データ内容の説明
|
NCBI Reference Sequenceデータベースから取得した緑色植物のアミノ酸配列をNCBI GI番号およびReference Sequence IDと注釈情報を付記して整理したデータ。各系統群でアミノ酸配列が所属するオルソログデータベースのクラスターIDを併記。
|
データファイル
|
データファイル名 :
pgdbj_ortholog_db_viridiplantae_protein.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
200 MB
|
簡易検索URL
|
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/pgdbj_ortholog_db_viridiplantae_protein
|
データ取得方法
|
NCBI Reference Sequenceデータベースから取得したアミノ酸配列。
|
解析方法
|
NCBI Reference Sequenceデータベースで500以上のアミノ酸配列を含む生物種を対象。
|
データ件数
|
1,137,698 件
|
|
データ詳細
|
|
項目名
|
項目の説明
|
| GI number |
アミノ酸配列のNCBI GI番号 |
| RefSeq ID |
NCBI Reference Sequence ID |
| Chr |
染色体番号またはゲノムID |
| Start Position |
開始位置 |
| Stop Position |
終了位置 |
| Cluster (Kingdom) |
クラスターID (分類群:Kingdom) |
| Cluster (Phylum) |
クラスターID (分類群:Phylum) |
| Cluster (No rank 1) |
クラスターID (分類群:No rank 1) |
| Cluster (No rank 2) |
クラスターID (分類群:No rank 2) |
| Cluster (No rank 3) |
クラスターID (分類群:No rank 3) |
| Cluster (No rank 4) |
クラスターID (分類群:No rank 4) |
| Cluster (No rank 5) |
クラスターID (分類群:No rank 5) |
| Cluster (No rank 6) |
クラスターID (分類群:No rank 6) |
| Cluster (No rank 7) |
クラスターID (分類群:No rank 7) |
| Cluster (No rank 8) |
クラスターID (分類群:No rank 8) |
| Cluster (No rank 9) |
クラスターID (分類群:No rank 9) |
| Cluster (No rank 10) |
クラスターID (分類群:No rank 10) |
| Cluster (Class) |
クラスターID (分類群:Class) |
| Cluster (No rank 11) |
クラスターID (分類群:No rank 11) |
| Cluster (Subclass) |
クラスターID (分類群:Subclass) |
| Cluster (No rank 12) |
クラスターID (分類群:No rank 12) |
| Cluster (Order) |
クラスターID (分類群:Order) |
| Cluster (Family) |
クラスターID (分類群:Family) |
| Cluster (No rank 13) |
クラスターID (分類群:No rank 13) |
| Cluster (Subfamily) |
クラスターID (分類群:Subfamily) |
| Cluster (No rank 14) |
クラスターID (分類群:No rank 14) |
| Cluster (Tribe) |
クラスターID (分類群:Tribe) |
| Cluster (Subtribe) |
クラスターID (分類群:Subtribe) |
| Cluster (Genus) |
クラスターID (分類群:Genus) |
| Cluster (Subgenus) |
クラスターID (分類群:Subgenus) |
| Cluster (Species) |
クラスターID (分類群:Species) |
| Cluster (Subspecies) |
クラスターID (分類群:Subspecies) |
| Cluster (Forma) |
クラスターID (分類群:Forma) |
| Cluster (No rank 15) |
クラスターID (分類群:No rank 15) |
| Annotation |
アミノ酸配列の注釈情報 |
| Organism |
生物種名 |
| AA sequence |
アミノ酸配列 |
|