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このデータベースについて

GenBank blastx search result

データ説明
データ名
GenBank blastx search result
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00120-008
データ内容の説明
GenBankのアミノ酸配列に対してblastx検索した結果
データファイル
データファイル名 :
kome_genbank_blastx_search_result.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
34 MB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kome_genbank_blastx_search_result
データ取得方法

GenBankの塩基配列に対するblastx検索結果を使用。

解析方法

NCBI-GenBankデータRelease 150.0(2005年8月15日付)をデータベースに、完全長cDNAをクエリにしてBlastx検索(blast2.2.12)を行った。
実際に用いたデータベースは、GenBankの18ディビジョン中の以下の10ディビジョンである。
1. PRI - primate sequences
2. ROD - rodent sequences
3. MAM - other mammalian sequences
4. VRT - other vertebrate sequences
5. INV - invertebrate sequences
6. PLN - plant, fungal, and algal sequences
7. BCT - bacterial sequences
8. VRL - viral sequences
9. PHG - bacteriophage sequences
13. PAT - patent sequences
閾値は1e-10とし、最も相同性が高かったものを表示している。

データ件数

1,247,656 件

データ詳細
項目名 項目の説明
 ACCESSION_NO

 完全長cDNAクローンのアクセッション番号

 CLONE_NAME

 完全長cDNAクローンの名称

 RANK

 blast検索結果の順位

 ACCESSION

 GenBankエントリのアクセッション番号

 DEFINITION

 GenBankクローンの定義

 DIVISION

 GenBankのディビジョン

 SCORE

 blastx検索のスコア

 EXPECT

 blastx検索の期待値

 IDENTITIES

 配列の同一性

 FRAME

 完全長cDNAクローンの翻訳されたフレーム