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このデータベースについて

InterPro search result

データ説明
データ名
InterPro search result
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00120-021
データ内容の説明
InterProモチーフデータベースの検索結果
データファイル
データファイル名 :
kome_interpro_search_result.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
2.1 MB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kome_interpro_search_result
データ取得方法

データベースはInterProデータベース バージョン8.0を使用。

解析方法

完全長cDNAクローンに対してInerProモチーフデータベース検索を行った。
InterProデータベースはバージョン8.0を、InterProプログラムはバージョン3.3を利用している。
解析に使われた検索プログラムは以下の9つである。
BlastProDom
FPrintScan
HMMPfam
HMMPIR
HMMSmart
HMMTigr
ProfileScan
ScanRegExp
SuperFamily

データ件数

110,589 件

データ詳細
項目名 項目の説明
 ACCESSION_NO

 完全長cDNAクローンのアクセッション番号

 CLONE_NAME

 完全長cDNAクローンの名称

 INTERPRO_ID

 InterProでのモチーフのID

 INTERPRO_NAME

 InterProでのモチーフの名称

 METHOD

 モチーフ検索プログラム

 ACCESSION_ID

 モチーフのアクセッション番号

 SHORT_NAME

 モチーフの短い名称

 LOCATION

 モチーフの位置

 EXPECT

 InterPro検索結果の期待値