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生命科学系データベースアーカイブ

KOME

Basical information

データ説明

info データ名 Basical information
info DOI 
info データ内容の説明 

完全長cDNAクローンの基本情報

info データファイル 
データファイル名:
kome_basical_information.zip
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/kome/LATEST/kome_basical_information.zip
ファイルサイズ:
607 KB
info 簡易検索URL 
info データ取得方法 

完全長cDNAは、理化学研究所(RIKEN)、及び、財団法人 国際科学振興財団(FAIS)により解読。

info 解析方法 

完全長クローン同士でBlastnを実行したときに、閾値1e-180以下で相同性が認められるものを同一クラスターとする。

info データ件数 

37,132 件

データ詳細

項目名項目の説明
 ACCESSION_NO  KOMEに掲載されている全完全長cDNAクローンは日本DNAデータバンク(DDBJ)に登録されている。

 この項目はDDBJにおける該当クローンのアクセッション番号を示している。
 CLONE_ID  完全長cDNAクローン１つ１つに固有のID
 BELONG  完全長cDNAをシークエンシングした研究機関の頭文字（R：RIKEN、F：FAIS）
 CLONE_NAME  完全長cDNAクローンの名称
 CLUSTER_ID

 完全長のクラスターＩＤ。

 完全長クローン同士でBlastnを実行した時に閾値1e-180以下で相同性が認められるものを同一クラスターとしている。

 Cluster IDはその通し番号である。
 LENGTH  完全長cDNAの塩基配列数
 POLYA_CUT_LENGTH  ポリA領域なしの完全長cDNAの塩基配列数
 SEQ_QUALITY  完全長cDNAの配列中に含まれるＮ以外の割合
 POLYA_CUT_SEQ_QUALITY  ポリA領域なしの完全長cDNAの配列中に含まれるＮ以外の割合
 SEQ_ACCURACY  完全長cDNAのシークエンスの精度情報。

 シークエンス時の塩基毎の解読精度の平均値を算出している。
 LIBRARY  該当クローンを抽出する時に用いられたライブラリーの情報。

 そのライブラリを作成した試料の器官、処理条件等について記述されている。