- あのデータベースが、丸ごとダウンロード可能に!-
[ Japanese | English ]
このデータベースについて

Basical information

データ説明
データ名
Basical information
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00120-002
データ内容の説明
完全長cDNAクローンの基本情報
データファイル
データファイル名 :
kome_basical_information.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
607 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kome_basical_information
データ取得方法

完全長cDNAは、理化学研究所(RIKEN)、及び、財団法人 国際科学振興財団(FAIS)により解読。

解析方法

完全長クローン同士でBlastnを実行したときに、閾値1e-180以下で相同性が認められるものを同一クラスターとする。

データ件数

37,132 件

データ詳細
項目名 項目の説明
 ACCESSION_NO

 KOMEに掲載されている全完全長cDNAクローンは日本DNAデータバンク(DDBJ)に登録されている。
 この項目はDDBJにおける該当クローンのアクセッション番号を示している。

 CLONE_ID

 完全長cDNAクローン1つ1つに固有のID

 BELONG

 完全長cDNAをシークエンシングした研究機関の頭文字(R:RIKEN、F:FAIS)

 CLONE_NAME

 完全長cDNAクローンの名称

 CLUSTER_ID

 完全長のクラスターID。
 完全長クローン同士でBlastnを実行した時に閾値1e-180以下で相同性が認められるものを同一クラスターとしている。
 Cluster IDはその通し番号である。

 LENGTH

 完全長cDNAの塩基配列数

 POLYA_CUT_LENGTH

 ポリA領域なしの完全長cDNAの塩基配列数

 SEQ_QUALITY

 完全長cDNAの配列中に含まれるN以外の割合

 POLYA_CUT_SEQ_QUALITY

 ポリA領域なしの完全長cDNAの配列中に含まれるN以外の割合

 SEQ_ACCURACY

 完全長cDNAのシークエンスの精度情報。
 シークエンス時の塩基毎の解読精度の平均値を算出している。

 LIBRARY

 該当クローンを抽出する時に用いられたライブラリーの情報。
 そのライブラリを作成した試料の器官、処理条件等について記述されている。