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このデータベースについて

Arabidopsis CDS blastp result

データ説明
データ名
Arabidopsis CDS blastp result
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00120-017
データ内容の説明
Arabidopsis thaliana予想CDS(コーディング領域)に対するblastp検索結果
データファイル
データファイル名 :
kome_arabidopsis_cds_blastp_result.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
3.6 MB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kome_arabidopsis_cds_blastp_result
データ取得方法

Arabidopsis thalianaの予想CDSデータ(The TIGR Arabidopsis thaliana Database ver5)を使用。

解析方法

Arabidopsis thalianaの予想CDSデータをデータベース、完全長クローンをクエリにしてBlastpを実行した。
閾値は1e-10とし、最も相同性が高かったものを表示している。

データ件数

137,642 件

データ詳細
項目名 項目の説明
 ACCESSION_NO

 完全長cDNAクローンのアクセッション番号

 CLONE_NAME

 完全長cDNAクローンの名称

 MIPS_CODE

 Arabidopsis thalianaのMIPSコード

 DEFINITION

 Arabidopsis thalianaのCDSの定義

 EXPECT

 blastp検索の期待値

 SCORE

 blastp検索のスコア