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このデータベースについて

ORF information

データ説明
データ名
ORF information
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00120-016
データ内容の説明
最長ORFの情報
データファイル
データファイル名 :
kome_orf_infomation.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
526 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kome_orf_infomation
データ取得方法

-

解析方法

完全長cDNAからORF(Open Reading Frame)を予測した時の、ORF開始位置と終端位置、及び完全長クローンに対するORFの占有率を示す。
完全長クローンの中から開始コドンと終止コドンを探し出し、開始コドンと終止コドンの領域が最も長くなるようにとったものをLongest ORFとする。

データ件数

37,073 件

データ詳細
項目名 項目の説明
 ACCESSION_NO

 完全長cDNAクローンのアクセッション番号

 CLONE_NAME

 完全長cDNAクローンの名称

 FRAME_NO

 フレーム番号

 START_POSITION

 最長のORFの開始位置

 STOP_POSITION

 最長のORFの終端位置

 LENGTH

 最長のORFの長さ

 OCCUPATION

 完全長cDNAの塩基配列上の占有率