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このデータベースについて

PLACE search result

データ説明
データ名
PLACE search result
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00120-015
データ内容の説明
PLACE:シス作用調節DNAエレメントのデータベースに対してシグナル検索した結果
データファイル
データファイル名 :
kome_place_search_result.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
43 MB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kome_place_search_result
データ取得方法

ジャポニカ種イネゲノムデータにマッピングを行った結果を使用。
シス作用調節DNAエレメントのデータベースはPLACE 22.0を使用。

解析方法

完全長cDNAクローンの予想上流領域に対するシスエレメント解析。
ジャポニカ種イネゲノムデータにマッピングを行った結果を元に、マッピングされた部位の上流1000bを予想上流領域とし、その配列に対してシスエレメント解析を行った。

データ件数

5,158,379 件

データ詳細
項目名 項目の説明
 ACCESSION_NO

 完全長cDNAクローンのアクセッション番号

 CLONE_NAME

 完全長cDNAクローンの名称

 HIT_NO

 sigscan検索の順位

 SIGNAL_NAME

 シグナルエレメントの名称

 SIGNAL_TYPE

 シグナルのタイプ

 LOCATION

 シグナルの位置

 STRAND

 クエリcDNA配列のストランドの向き

 SIGNAL_SEQ

 シグナル配列

 SIGNAL_ID

 PLACEのシグナルエレメントID