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このデータベースについて

Indica genome blast search result

データ説明
データ名
Indica genome blast search result
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00120-012
データ内容の説明
インディカ種のイネゲノム配列に対してblastn検索した結果(上部ヒットのみ)
データファイル
データファイル名 :
kome_indica_genome_blast_search_result.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
338 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kome_indica_genome_blast_search_result
データ取得方法

BGI RISで公開されているインディカ種のイネゲノムデータを使用。

解析方法

インディカ種のイネゲノム配列に対してblastn検索(blast2.2.12)を行った。(上部ヒットのみ)
閾値は1e-10とし、最も相同性が高かったものを表示している。

データ件数

35,736 件

データ詳細
項目名 項目の説明
 ACCESSION_NO

 完全長cDNAクローンのアクセッション番号

 CLONE_NAME

 完全長cDNAクローンの名称

 INDICA_ACCESSION

 GenBankエントリのアクセッション番号

 DEFINITION

 GenBankエントリの定義

 EXPECT

 blastn検索の期待値

 SCORE

 blastn検索のスコア

 STRAND

 cDNAストランドの向き