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このデータベースについて

Genome annotations

データ説明
データ名
Genome annotations
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00120-009
データ内容の説明
Genbankのblastn/x検索結果の中からイネゲノム関連で最も相同性が高いヒットを抽出した結果
データファイル
データファイル名 :
kome_genome_annotation.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
514 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kome_genome_annotation
データ取得方法

GenBankの塩基配列に対するblastn検索結果、及び、GenBankのアミノ酸配列に対するblastx検索結果を使用。

解析方法

Genbankのblastn/x検索結果の中からイネゲノム関連で最も相同性が高いヒットを抽出した。
イネゲノム関連ヒットの基準は、Definitionに"Oryza sativa"または"rice"を含み、なおかつ"BAC"、"PAC"、"chromosome Genomic"、"Genomic sequence"のいずれかのゲノムキーワードを含むこととする。

データ件数

23,768 件

データ詳細
項目名 項目の説明
 ACCESSION_NO

 完全長cDNAクローンのアクセッション番号

 CLONE_NAME

 完全長cDNAクローンの名称

 BLAST_TYPE

 Blastのタイプ (blastnまたはblastx)

 HIT_ACCESSION

 GenBankエントリのアクセッション番号

 DIVISION

 GenBankのディビジョン

 DEFINITION

 GenBankクローンの定義

 RANK

 blast検索結果の順位

 SCORE

 blastn/x検索のスコア

 EXPECT

 blastn/x検索の期待値