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このデータベースについて

EST詳細

データ説明
データ名
EST詳細
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00951-001
データ内容の説明
カイコのEST(cDNA)配列の一覧です。2011年9月時点の公的データベースに登録したEST、および、2010年6月時点での公的データベースに登録したcDNAで構成されます。
データファイル
データファイル名 :
kaiko_cdna_main.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
157 MB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kaiko_cdna_main
データ取得方法

-

解析方法

各ESTに対し、6種類のデータベースでBLAST検索を行い、注釈(アノテーション)を付けています。
ESTはBLASTN (all-against-all) でグループ分けされました。それぞれのグループ(クラスタ)に対して、各contigのもっとも上流の領域を含むクローンを代表的配列 (EST) として選びました。各代表的配列には、InterProScanによって注釈を付けました。

データ件数

532,655 件

データ詳細
項目名 項目の説明
Accession Number

アクセション番号

Clone Name

クローン名

Length

配列の長さ (bp)

GO check_date

InterProScan実行日

GO Iprscan Value

InterProScan結果へのリンク

GO ID

GO ID一覧

NR blast_date

BLAST実行日(DB: NCBI-nr)

NR value

BLAST検索結果概要(DB: NCBI-nr)

NR definition

相同な配列のdefinition(DB: NCBI-nr)

Drosophila blast_date

BLAST実行日(DB: D. melanogasterタンパク質配列)

Drosophila value

BLAST検索結果概要(DB: D. melanogasterタンパク質配列)

Drosophila definition

相同な配列のdefinition(DB: D. melanogasterタンパク質配列)

C.elegans blast_date

BLAST実行日(DB: C. elegansタンパク質配列)

C.elegans value

BLAST検索結果概要(DB: C. elegansタンパク質配列)

C.elegans definition

相同な配列のdefinition(DB: C. elegansタンパク質配列)

Anopheles blast_date

BLAST実行日 (DB: A. gambiaeタンパク質配列)

Anopheles value

BLAST検索結果概要 (DB: A. gambiaeタンパク質配列)

Anopheles definition

相同な配列のdefinition (DB: A. gambiaeタンパク質配列)

Apis blast_date

BLAST実行日(DB: A.melliferaタンパク質配列)

Apis value

BLAST検索結果概要(DB: A.melliferaタンパク質配列)

Apis definition

相同な配列のdefinition(DB: A.melliferaタンパク質配列)

Tribolium blast_date

BLAST実行日(DB: T. castaneumタンパク質配列)

Tribolium value

BLAST検索結果概要(DB: T. castaneumタンパク質配列)

Tribolium definition

相同な配列のdefinition(DB: T. castaneumタンパク質配列)

Cluster Size

同一クラスタに属する配列の数

Rep ID

代表的ESTのアクセション番号

cDNA library name

cDNAライブラリ名

Sequence

配列