このデータベースについて

Analysis list

データ説明

データ名

Analysis list

DOI

10.18908/lsdba.nbdc01558-003.V020

データ内容の説明

ChIP-Atlas において提供している Target gene analysis および Colocalization analysis のファイルパスを生成するためのメタデータのリスト。詳しくは <a href="https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#downloads_doc" target="_blank">https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#downloads_doc</a> を参照のこと。

データファイル

データファイル名 :

chip_atlas_analysis_list.zip

データのURL :

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/chip-atlas/LATEST/chip_atlas_analysis_list.zip

ファイルサイズ :

126 KB

簡易検索URL

http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/chip_atlas_analysis_list

データ取得方法

Sequence Read Archive からダウンロードしたデータを処理することによって得られたbed ファイルを元に解析を行い、その結果をリストとして出力した。

解析方法

https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki を参照のこと。

データ件数

4,249 件

データ詳細

項目名	項目の説明
Antigen	Antigen
Cell type class in Colocalization	Cell type class in Colocalization (comma separated)
Recorded (+) or not (-) in Target Genes	Target gene analysis performed or not (+/-)
Genome assembly	Genome assembly
Target Genes (TSS ±1k)	Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the genes bound by the given antigen in the range of ± 1 kb of each TSS (transcription start site).
Target Genes (TSS ±5k)	Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the genes bound by the given antigen in the range of ± 5 kb of each TSS (transcription start site).
Target Genes (TSS ±10k)	Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the genes bound by the given antigen in the range of ± 10 kb of each TSS (transcription start site).
Colocalization (TSV)	Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the protein colocalization with the given antigen in the given cell type class.
Colocalization (GML)	Link to a GML (Graph Modelling Language) file that describes the protein colocalization in the given cell type class.