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このデータベースについて

File list

データ説明
データ名
File list
DOI
10.18908/lsdba.nbdc01558-002.V020
データ内容の説明
メタデータによる分類に従って結合されたbed ファイルのリストとその分類のリスト。リファレンスゲノム、抗原、細胞株、結合された各実験データのID の情報を含む。詳しくは <a href="https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#downloads_doc" target="_blank">https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#downloads_doc</a> を参照のこと。
データファイル
データファイル名 :
chip_atlas_file_list.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
20 MB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/chip_atlas_file_list
データ取得方法

Sequence Read Archive からダウンロードしたデータを標準的なChIP-Seq データ解析パイプラインで処理することによって得られたデータのリストを取得した。

解析方法

https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki を参照のこと。

データ件数

138,344 件

データ詳細
項目名 項目の説明
File name

File name

Genome assembly

Genome assembly

Antigen class

Antigen class

Antigen

Antigen

Cell type class

Cell type class

Cell type

Cell type

Threshold

Threshold

Experimental IDs included

Experimental IDs included

Peak-call (BED)

Link to a BED9 + GFF3 format file concatenated and converted from the BED4-formatted peak-call data files of the experiments in the "Experimental IDs included".