このデータベースについて

Experiment list

データ説明

データ名

Experiment list

DOI

10.18908/lsdba.nbdc01558-001.V020

データ内容の説明

Sequence Read Archive における Experiment ID に従って分類された ChIP-Seq データのメタデータのリスト。リファレンスゲノムデータ、抗原、細胞株の分類などの情報を含む。詳しくは https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki#downloads_doc を参照のこと。

データファイル

データファイル名 :

chip_atlas_experiment_list.zip

データのURL :

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/chip-atlas/LATEST/chip_atlas_experiment_list.zip

ファイルサイズ :

29 MB

簡易検索URL

http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/chip_atlas_experiment_list

データ取得方法

Sequence Read Archive からダウンロードしたデータを標準的なChIP-Seq データ解析パイプラインで処理することによって得られたデータに対して、人手でメタデータの整理を行った。

解析方法

https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki を参照のこと。

データ件数

439,593 件

データ詳細

項目名	項目の説明
Experimental ID	Experimental ID (SRX, ERX, DRX)
Genome assembly	Genome assembly
Antigen class	Antigen class
Antigen	Antigen
Cell type class	Cell type class
Cell type	Cell type
Cell type description	Cell type description
Processing logs	Processing logs (# of reads, % mapped, % duplicates, # of peaks [q < 1E-05])
Title	Title submitted by authors
Meta data	Meta data submitted by authors
BigWig	Link to a BigWig-formatted coverage score binary file.
Peak-call (BED) (q < 1E-05)	Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-05.
Peak-call (BED) (q < 1E-10)	Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-10.
Peak-call (BED) (q < 1E-20)	Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-20.
Peak-call (BigBed) (q < 1E-05)	Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-05).
Peak-call (BigBed) (q < 1E-10)	Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-10).
Peak-call (BigBed) (q < 1E-20)	Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-20).