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データ説明
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データ名
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Yeast Interacting Proteins DatabaseのFullデータ(アノテーション更新版）
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00742-002
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データ内容の説明
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Yeast Interacting Proteins Databaseにおける全データ。 アノテーション（gene nameとdescription）をSGD（Saccharomyces Genome Database；<a href="http://www.yeastgenome.org/" rel="external">http://www.yeastgenome.org/</a>、 2009/8/15）によって更新している。 データ件数は4,549件。 CSV形式のテキストファイル。
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データファイル
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データファイル名 :
full_updated.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
372KB
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簡易検索URL
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http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/yipd_full_updated
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データ取得方法
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酵母２ハイブリッド法（Fields, S. & Song, O. K. (1989) Nature (London) 340, 245-246.）
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解析方法
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実験によって取得された相互作用の信頼度の指標として、酵母蛋白質とその相互作用についての文献情報等を、 YPD（Yeast Proteome Database, Costanzo, M. C., Hogan, J. D., Cusick, M. E., Davis, B. P., Fancher, A. M., Hodges, P. E., Kondu, P., Lengieza, C., Lew-Smith, J. E., Lingner, C., et al. (2000) Nucleic Acids Res. 28, 73-76.）等から収集し記載している。
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データ件数
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4,549件
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データ詳細
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項目名
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項目の説明
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| Bait ORF |
BaitのORF名、SGD（Saccharomyces Genome Database；http://www.yeastgenome.org/） におけるSystematic Name |
| Bait gene name |
Baitの遺伝子名、SGDにおけるStandard Name |
| Bait description |
Baitのアノテーション、SGDにおけるDescription |
| Rows with this bait as bait |
このBait ORFをBait ORFとして持つ行（相互作用）の数、検索結果へのリンク（TogoDBのみ） |
| Rows with this bait as prey |
このBait ORFをPrey ORFとして持つ行（相互作用）の数、検索結果へのリンク（TogoDBのみ） |
| Prey ORF |
PreyのORF名、SGD（Saccharomyces Genome Database；http://www.yeastgenome.org） におけるSystematic Name |
| Prey gene name |
Preyの遺伝子名、SGDにおけるStandard Name |
| Prey description |
Preyのアノテーション、SGDにおけるDescription |
| Rows with this prey as prey |
このPrey ORFをPrey ORFとして持つ行（相互作用）の数、検索結果へのリンク（TogoDBのみ） |
| Rows with this prey as bait |
このPrey ORFをBait ORFとして持つ行（相互作用）の数、検索結果へのリンク（TogoDBのみ） |
| Literature on bait（YPD） |
Baitに関する文献数、YPD(Yeast Proteome Database)(*1)か ら取得 |
| Literature on prey（YPD） |
Preyに関する文献数、YPDから取得 |
| Literature shared by bait and prey |
Bait,Preyに関して共通する文献数、YPDから取得した文献数に基づき計算 |
| Literature sharing score |
PreyとBaitで、文献中の共起に関するスコアを計算式に基づき計算スコアの計算式: |
| CuraGen（0 or 1） |
CuraGenによる調査（0または1)、Uetz et al.(*2)か ら取得 |
| S. Fields（0 or 1） |
S.Fieldsによる調査（0または1)、Uetz et al.から取得 |
| Association(0 or 1,YPD) |
会合（0または1)、YPDから取得 |
| Complex (0 or 1,YPD) |
複合体形成（0または1)、YPDから取得 |
| Synthetic lethality（0 or 1,YPD） |
合成致死性（0または1)、YPDから取得 |
| Co-induced by（YPD） |
両遺伝子の発現を誘導する因子、YPDから取得 |
| Co-repressed by（YPD） |
両遺伝子の発現を抑制する因子、YPDから取得 |
| Not affected by（YPD） |
これらの遺伝子の発現に影響のない因子、YPDから取得 |
| Interologs |
相互作用するタンパク質の対他生物種のオーソログ間に存在するインタラクションの数、Database of Interacting Proteins(*3)か ら取得 |
| Expression similarity (BRITE) |
KEGG BRITE(*4)か らの取得した発現データ。（値が0.9以上の高いもののみ） |
| Alternative path with 1 intervening protein |
一つの中間蛋白質を介したこの相互作用以外のパスの数をフルデータから計算 |
| Alternative path with 2 intervening proteins |
二つの中間蛋白質を介したこの相互作用以外のパスの数をフルデータから計算 |
| IST hit |
Interaction Sequence Tags（IST）のヒット数（相互作用の検出数、再現性の指標） |
| IST hit in the opposite bait/prey orientation |
BaitとPreyが反転した組み合わせのIST hitの数 |
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