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生命科学系データベースアーカイブ

Budding yeast cDNA sequencing project

出芽酵母における完全長cDNAクローンの5'末端配列の塩基配列、及びクオリティ値

データ説明

info データ名 出芽酵母における完全長cDNAクローンの5'末端配列の塩基配列、及びクオリティ値
info DOI 
info データ内容の説明 

Vector-capping methodによる出芽酵母完全長cDNAライブラリーから作成した完全長cDNAクローンの5'末端配列、 及びPhredソフトウェアによる配列クオリティ値、及びSGD、dbEST、UCSC Genome Browserへのリンク。 SGDへのリンクは、ゲノムマッピングされたcDNAのみにある。 dbEST、UCSC Genome Browserへのリンクは、その内、5'端が完全なcDNAのみにある。 SGDへのリンク数は、51,027、dbEST、UCSC Genome Browserへのリンク数は、31,847、cDNA総数は83,706。 CSV形式のテキストファイル。

info データファイル 
データファイル名:
yeast_seq_qual.zip
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/yeast_cdna/LATEST/yeast_seq_qual.zip
ファイルサイズ:
59.9MB
info 簡易検索URL 
info データ取得方法 

塩基配列：シーケンシング

クオリティ値：Phredによるベースコール

info 解析方法 

-

info データ件数 

83,706件

データ詳細

 

項目名項目の説明
Clone ID クローンID、SGDにおけるName
Link to SGD ゲノムマッピングされたcDNAのクローンIDを元にした、SGD（Saccharomyces Genome Database, http://www.yeastgenome.org/） へリンク。リンクはTogoDB版にあり、アーカイブファイルでは、Clone IDのみ。
Link to dbEST 5'端が完全なcDNAのGenBankのアクセッションを元にしたNCBIのdbESTへリンク。リンクはTogoDB版にあり、アーカイ ブファイルでは、アクセッションのみ。
Link to UCSC Genome Browser 5'端が完全なcDNAのGenBankのアクセッションを元に、UCSC Genome Browserへリンク。リンクはTogoDB版にあり、アーカイブファイルでは、アクセッションのみ。
Sequence 出芽酵母の完全長cDNAクローンの5'末端配列データ。FASTA形式
Quality Phredのクオリティ値