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このデータベースについて

出芽酵母における完全長cDNAクローンの5'末端配列の塩基配列、及びクオリティ値

データ説明
データ名
出芽酵母における完全長cDNAクローンの5'末端配列の塩基配列、及びクオリティ値
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00838-001
データ内容の説明
Vector-capping methodによる出芽酵母完全長cDNAライブラリーから作成した完全長cDNAクローンの5'末端配列、 及びPhredソフトウェアによる配列クオリティ値、及びSGD、dbEST、UCSC Genome Browserへのリンク。 SGDへのリンクは、ゲノムマッピングされたcDNAのみにある。 dbEST、UCSC Genome Browserへのリンクは、その内、5'端が完全なcDNAのみにある。 SGDへのリンク数は、51,027、dbEST、UCSC Genome Browserへのリンク数は、31,847、cDNA総数は83,706。 CSV形式のテキストファイル。
データファイル
データファイル名 :
yeast_seq_qual.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
59.9MB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/budding_yeast_cdna_sequencing_project
データ取得方法

塩基配列:シーケンシング
クオリティ値:Phredによるベースコール

解析方法

-

データ件数

83,706件

データ詳細
項目名 項目の説明
Clone ID

クローンID、SGDにおけるName

Link to SGD

ゲノムマッピングされたcDNAのクローンIDを元にした、SGD(Saccharomyces Genome Database, http://www.yeastgenome.org/) へリンク。リンクはTogoDB版にあり、アーカイブファイルでは、Clone IDのみ。

Link to dbEST

5'端が完全なcDNAのGenBankのアクセッションを元にしたNCBIのdbESTへリンク。リンクはTogoDB版にあり、アーカイ ブファイルでは、アクセッションのみ。

Link to UCSC Genome Browser

5'端が完全なcDNAのGenBankのアクセッションを元に、UCSC Genome Browserへリンク。リンクはTogoDB版にあり、アーカイブファイルでは、アクセッションのみ。

Sequence

出芽酵母の完全長cDNAクローンの5'末端配列データ。FASTA形式

Quality

Phredのクオリティ値