TMPDB
このデータベースについて
データベースの説明
| データベース全般 | |
名称
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TMPDB
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名称の読み方
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ティーエムピーディービー |
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別名
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TransMembrane Protein DataBase |
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00973-000 |
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作成者
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作成氏名
清水 俊夫*
作成者英名
Toshio Shimizu
作成者所属
弘前大学
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連絡先
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〒036-8561 弘前市文京町3番地 |
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データベース分類
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タンパク質配列データベース-タンパク質の局在とターゲッティング |
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データベースの説明
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収集した膜貫通トポロジーに関する文献 (1074論文) から、X線結晶構造回折、NMR、遺伝子融合などの実験によって決定された、信頼度の高い302の膜貫通トポロジーモデルを抽出し、それらをSWISS- PROTなどのデータベースと結びつけることによって、膜貫通トポロジーデータベース (TMPDB) として構築した。 |
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データベースの特長・有用性・活用方法
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TMPDBは膜貫通トポロジー予測法開発や、既存の予測法の改良のためのトレーニングあるいはテストデータセットとして有用である。 |
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データベースの利用許諾
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CC 表示-継承 詳細 |
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予算的背景・プロジェクト
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名称
文部科学省特定領域研究 ゲノム研究  |
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論文等
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文献名
TMPDB: a database of experimentally-characterized transmembrane topologies.
著者名
Ikeda, M., Arai, M., Okuno, T. and Shimizu, T.
雑誌名/掲載年月/号
Nucleic Acids Res., 31, 406-409.
外部リンク
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| データベースのオリジナルサイト情報 | |
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データベース運用場所
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※オリジナルサイトでの公開を終了 |
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オリジナルサイト
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運用開始年月日
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最終更新年月日
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2003/11 |
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統括サイト
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データの一括ダウンロードサイト
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参照先データベース
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一覧表示
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無し |
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クエリ検索
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無し |
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Webサービス
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無し |
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WebサービスURL
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ユーザ登録
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無し |
