膜貫通トポロジーモデル

データ名

膜貫通トポロジーモデル

DOI

データ内容の説明

実験結果に基づいた302件の膜貫通トポロジーモデルの情報。文献および関連データベースのエントリー情報を総合的に参照して一型のモデルとして提示している。 SWISS-PROT形式ファイル。リリース6.3。

データファイル

データファイル名:

TMPDB.dat.gz

データのURL:

ファイルサイズ:

203KB

簡易検索URL

データ取得方法

PubMed、UniProt等での検索

解析方法

実験的裏づけのあるものをマニュアルで抽出し、まとめた。

データ件数

302件

項目名	項目の説明
ID	UniProt ID
AC	UniProt AC
NO	参考文献の番号
DT	TMPDBエントリーの作成日と最終更新日
DE	タンパク質の名称・説明
GN	遺伝子名
OS	生物種
OG	遺伝子がコードされているオルガネラ
OC	生物の分類
ME	細胞内局在部位
RN	参考文献の通し番号
RX	参考文献のPubMed ID
RA	参考文献の著書名
RT	参考文献のタイトル
RL	参考文献の雑誌名、出版年、巻号、頁
DR	参考データベースのエントリー
EM	トポロジー決定に用いた実験手法
SS	構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例：aquaporin 1) の3つに分類。
NS	膜貫通セグメントの数
TP	トポロジー (N, C末端の膜に対する向き)
FT	TRANSMEM・・・膜貫通セグメントの判定結果 SIGNAL, DOMAINなどその他・・・シグナル配列やドメインなどの配列情報 CONFLICT・・・データベース間でのアミノ酸配列の相違
SQ	アミノ酸配列
//	エントリーの末尾

このデータベースについて