|
データ説明
|
データ名
|
各種トポロジー予測法の性能検証結果
|
DOI
|
10.18908/lsdba.nbdc00973-002
|
データ内容の説明
|
膜貫通トポロジーモデルのα構造, Non-redundantセット231件を用いて、各種膜貫通部位予測法の性能を検証した。これらの結果を組み合わせた予測手法Conpred Ⅱの結果をConsensus項目に示している。検証の対象とした予測法は、KKD, Tmpred, TopPred II, DAS, TMAP, MEMSAT 2, SOSUI, PRED-TMR2, TMHMM 2.0, HMMTOP 2.0の10種類。
|
データファイル
|
データファイル名 :
tmpdb_pr.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
216KB
|
簡易検索URL
|
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/tmpdb_pr
|
データ取得方法
|
-
|
解析方法
|
各種予測プログラムにより計算した。
|
データ件数
|
231件
|
|
データ詳細
|
|
項目名
|
項目の説明
|
| UniProt ID |
UniProt ID |
| UniProt AC |
UniProt AC |
| Date of creation and last modification |
TMPDBエントリーの作成日と最終更新日 |
| Description |
タンパク質の名称・説明 |
| Gene name |
遺伝子名 |
| Species |
生物種 |
| Encoded on |
遺伝子がコードされているオルガネラ |
| Organism classification |
生物の分類 |
| Localization |
細胞内局在部位 |
| Entry and article number |
参考文献の番号 |
| Pubmed ID (Reference) |
参考文献のPubMed ID |
| Author (Reference) |
参考文献の著書名 |
| Title (Reference) |
参考文献のタイトル |
| Journal (Reference) |
参考文献の雑誌名、出版年、巻号、頁 |
| Cross-reference |
参考データベースのエントリー |
| Experimental method |
トポロジー決定に用いた実験手法 |
| Structural type |
構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例：aquaporin 1) の3つに分類。 |
| # of TM segments (NS) |
膜貫通セグメントの数 |
| Topology (TP) |
トポロジー (N, C末端の膜に対する向き) |
| Feature table data (FT) |
TRANSMEM・・・ 膜貫通セグメントの判定結果 SIGNAL, DOMAINなどその他・・・ シグナル配列やドメインなどの配列情報 CONFLICT・・・ データベース間でのアミノ酸配列の相違 |
| NS, FT by KKD |
KKDによる予測結果 (項目 NS, FTのTRANSEM) |
| NS, TP, FT by Tmpred |
Tmpredによる予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
| NS, TP, FT by TopPred II |
TopPred IIによる予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
| NS, FT by DAS |
DASによる予測結果 (項目 NS, FTのTRANSEM) |
| NS, TP, FT by TMAP |
TMAPによる予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
| NS, TP, FT by MEMSAT 2 |
MEMSAT 2による予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
| NS, FT by SOSUI |
SOSUIによる予測結果 (項目 NS, FTのTRANSEM) |
| NS, TP, FT by PRED-TMR2 |
PRED-TMR2による予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
| NS, TP, FT by TMHMM 2.0 |
TMHMM 2.0による予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
| NS, TP, FT by HMMTOP 2.0 |
HMMTOP 2.0による予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
| NS, TP, FT Consensus |
ConpredⅡによるコンセンサス (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
| Sequence |
アミノ酸配列 |
|
