このデータベースについて

膜貫通トポロジーモデル

データ説明

データ名

膜貫通トポロジーモデル

DOI

データ内容の説明

実験結果に基づいた302件の膜貫通トポロジーモデルの情報。文献および関連データベースのエントリー情報を総合的に参照して一型のモデルとして提示している。

データファイル

データファイル名 :

tmpdb.zip

データのURL :

ファイルサイズ :

199KB

簡易検索URL

データ取得方法

PubMed、UniProt等での検索

解析方法

実験的裏づけのあるものをマニュアルで抽出し、まとめた

データ件数

302件

データ詳細

項目名	項目の説明
UniProt ID	UniProt ID
UniProt AC	UniProt AC
Date of creation and last modification	TMPDBエントリーの作成日と最終更新日
Description	タンパク質の名称・説明
Gene name	遺伝子名
Species	生物種
Encoded on	遺伝子がコードされているオルガネラ
Organism classification	生物の分類
Localization	細胞内局在部位
Entry and article number	参考文献の番号
Pubmed ID (Reference)	参考文献のPubMed ID
Author (Reference)	参考文献の著書名
Title (Reference)	参考文献のタイトル
Journal (Reference)	参考文献の雑誌名、出版年、巻号、頁
Cross-reference	参考データベースのエントリー
Experimental method	トポロジー決定に用いた実験手法
Structural type	構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例：aquaporin 1) の3つに分類。
# of TM segments	膜貫通セグメントの数
Topology	トポロジー (N, C末端の膜に対する向き)
Feature table data	TRANSMEM・・・膜貫通セグメントの判定結果 SIGNAL, DOMAINなどその他・・・シグナル配列やドメインなどの配列情報 CONFLICT・・・データベース間でのアミノ酸配列の相違
Sequence	アミノ酸配列
nr-dataset	Non-redundantセットに含まれるエントリーには*を付与している。