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生命科学系データベースアーカイブ

RGP physicalmap

データベースの説明

データベース全般

info 名称 RGP physicalmap
info 名称の読み方 -
info 別名 Rice Genome Mapping and Sequencing Data from RGP, STAFF/NIAR, Japan
info DOI 
info 作成者 
作成者氏名:
梅原 洋佐
作成者英名:
Yosuke Umehara
作成者所属:
農業生物資源研究所
作成者氏名:
倉田 のり
作成者英名:
Nori Kurata
作成者所属:
農業生物資源研究所
作成者氏名:
佐々木 卓治*
作成者英名:
Takuji Sasaki
作成者所属:
農業生物資源研究所
info 連絡先 

〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
松本隆
E-mail : rgp_physicalmap_address
片寄裕一
E-mail : rgp_physicalmap_address2

info データベース分類 植物データベース-イネ
info データベース分類 配列
物理地図
info 生物種 
生物種名:
Oryza sativa
Taxonomy ID:
info データベースの説明 

RGPのDNAマーカーで選抜されたYACクローンのデータファイルを示します。RGPのイネYACライブラリーは、日本晴（Oryza sativa L. cv. Nipponbare）の培養細胞から構築され、平均挿入長350kbのクローンを6934個含んでいます。

info データベースの特長・有用性・活用方法 

RGPのDNAマーカーで選抜されたYACクローンのデータファイルを染色体ごとに図や表で参照することができます。表では、染色体ごとにRGPのDNAマーカーで選抜されたYACクローンを、DNAマーカー、遺伝的距離とともにまとめています。図では、染色体での区分領域ごとにYAC物理地図を示します。
このアーカイブは下記の最終更新日のデータを元に作成されており、現状とは必ずしも一致しない場合があります。

info データベースの利用許諾 CC 表示-継承 詳細
info 予算的背景・プロジェクト 
名称:
第１期イネゲノム解析研究プロジェクト（平成3～9年）
info 論文等 
文献名:
Construction and characterization of a rice YAC library for physical mapping
著者名:
Yosuke Umehara, Akiko Inagaki, Hiroshi Tanoue, Yuji Yasukochi, Yoshiaki Nagamura, Shoko Saji, Yoshiaki Otsuki, Tatsuhito Fujimura, Nori Kurata, Yuzo Minobe
雑誌名/掲載年月/号:
Molecular Breeding (1995) 1(1): 79-89.
外部リンク:
 
文献名:
A 300 kilobase interval genetic map of rice including 883 expressed sequences
著者名:
N. Kurata, Y. Nagamura, K. Yamamoto, Y. Harushima, N. Sue, J. Wu, B.A. Antonio, A. Shomura, T. Shimizu, S-Y. Lin, T. Inoue, A. Fukuda, T. Shimano, Y. Kuboki, T. Toyama, Y. Miyamoto, T. Kirihara, K. Hayasaka, A. Miyao, L. Monna, H.S. Zhong, Y. Tamura, Z-X, Wang, T. Momma, Y. Umehara, M. Yano, T. Sasaki and Y. Minobe
雑誌名/掲載年月/号:
Nature Genetics (1994) 8: 365-372.
外部リンク:
 
文献名:
Physical Mapping of Rice Chromosome 1 with Yeast Artificial Chromosomes (YACs)
著者名:
Zi-Xuan Wang, Atsuko Idonuma, Yosuke Umehara, Wim Van Houten, Ikuo Ashikawa, Yuzo Minobe, Nori Kurata and Takuji Sasaki
雑誌名/掲載年月/号:
DNA Research (1996) 3(5): 291-296.
外部リンク:
 
文献名:
Yeast Artificial Chromosome Clones of Rice Chromosome 2 Ordered Using DNA Markers
著者名:
Yosuke Umehara, Nori Kurata, Ikuo Ashikawa and Takuji Sasaki
雑誌名/掲載年月/号:
DNA Research (1997) 4(2): 127-131.
外部リンク:
 
文献名:
Ordered YAC Clone Contigs Assigned to Rice Chromosomes 3 and 11
著者名:
Hiroshi Tanoue, Takanori Shimokawa, Jianzhong Wu, Norio Sue, Yosuke Umehara, Ikuo Ashikawa, Nori Kurata and Takuji Sasaki
雑誌名/掲載年月/号:
DNA Research (1997) 4(2): 133-140.
外部リンク:
 
文献名:
Physical Mapping of Rice Chromosomes 4 and 7 Using YAC Clones
著者名:
Kazuhiro Koike, Katsuhiko Yoshino, Norio Sue, Yosuke Umehara, Ikuo Ashikawa, Nori Kurata and Takuji Sasaki
雑誌名/掲載年月/号:
DNA Research (1997) 4(1): 27-33.
外部リンク:
 
文献名:
Construction of YAC Contigs on Rice Chromosome 5
著者名:
Shoko Saji, Yosuke Umehara, Nori Kurata, Ikuo Ashikawa and Takuji Sasaki
雑誌名/掲載年月/号:
DNA Research (1996) 3(5): 297-302.
外部リンク:
 
文献名:
An ordered yeast artificial chromosome library covering over half of rice chromosome 6
著者名:
Y Umehara, H Tanoue, N Kurata, I Ashikawa, Y Minobe, and T Sasaki
雑誌名/掲載年月/号:
Genome Research (1996) 6(10): 935-942.
外部リンク:
 
文献名:
Physical mapping of rice chromosomes 8 and 9 with YAC clones
著者名:
Baltazar A. Antonio, Makiko Emoto, Jianzhong Wu, Ikuo Ashikawa, Yosuke Umehara, Nori Kurata and Takuji Sasaki
雑誌名/掲載年月/号:
DNA Research (1996) 3(6): 393-400.
外部リンク:
 
文献名:
Assignment of YAC Clones Spanning Rice Chromosomes 10 and 12
著者名:
Takanori Shimokawa, Nori Kurata, Jianzhong Wu, Yosuke Umehara, Ikuo Ashikawa and Takuji Sasaki
雑誌名/掲載年月/号:
DNA Research (1996) 3(6): 401-406.
外部リンク:
 

データベースのオリジナルサイト情報

info データベース運用場所 

info オリジナルサイト （公開停止中）http://rgp.dna.affrc.go.jp/E/publicdata/physicalmap/physicalmap.html
info 運用開始年月日 1997/07/09
info 最終更新年月日 1998/08/24
info 統括サイト 
info データの一括ダウンロードサイト -
info 参照先データベース 

DDBJ

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