このデータベースについて

マイクロアレイとin situ hybridizationによる発現解析（概要版）

データ説明

データ名

DOI

10.18908/lsdba.nbdc00960-001

データ内容の説明

４回のマイクロアレイ実験から得られたデータと、マイクロアレイ実験によりスクリーニングされたレチノイン酸標的遺伝子のWhole mount in situ hybridization法による発現解析結果。マイクロアレイ実験結果については、概要版（簡易検索）では、要約のみを掲載する。各アレイの蛍光強度などのデータの詳細については、オリジナル版にまとめられている。

データファイル

データファイル名 :

概要版: ra_target_gene.zip

データのURL :

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/ra_target_gene/LATEST/ra_target_gene.zip

ファイルサイズ :

177KB

簡易検索URL

http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/ra_target_gene

データ取得方法

カタユウレイボヤ EST 解析に用いた卵割期・尾芽胚・幼生のライブラリーから、重複のない 9287 クローンの cDNA を載せたマイクロアレイを作製

解析方法

データ件数

9299件

データ詳細

項目名	項目の説明
Order	リストの通し番号 (Geometrical avg.の数値の高い順)
Block	マイクロアレイ上のブロック番号
Column	マイクロアレイ上のブロック内での列番号
Row	マイクロアレイ上のブロック内での行番号
Cluster ID (Link to Ghost DB)	クラスターID （Ghost Databaseに由来、リンク）
EST sequence similarities (BLASTX results)	当該EST配列のBLASTX検索の結果、相同性のあった遺伝子の名称
Clone ID for microarray (From Ghost DB)	クローンID （Ghost Databaseに由来）
Average RA:DMSO (Geometrical avg.)	4回のマイクロアレイ実験から得られたRA:DMSO (RA処理とDMSO処理のプローブそれぞれから得られた蛍光強度の比)の幾何平均
Average RA:DMSO (Arithmetic avg.)	4回のマイクロアレイ実験から得られたRA:DMSOの算術平均
Reproducibility of RA:DMSO	マイクロアレイ実験の再現性のレベルを以下のA、B、Cで表現している。 A:　4回すべてのマイクロアレイ実験において、RA:DMSO>1.00となる B: 3回のマイクロアレイ実験において、RA:DMSO>1.00となる C:　2回のマイクロアレイ実験において、RA:DMSO>1.00となる
Cluster ID/Clone ID for ISH	以下のin situのデータ解析に用いたクローンが属すCluster ID又はClone ID
ISH -DMSO	DMSO （dimethylsulfoxide）で処理した場合のWhole mount in situ hybridization法による発現解析結果の顕微鏡画像ファイル名。TogoDB版では、画像が表示される。
ISH -RA	RA （retinoic acid）で処理した場合のWhole mount in situ hybridization法による発現解析結果の顕微鏡画像ファイル名。TogoDB版では、画像が表示される。