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生命科学系データベースアーカイブ

RA target genes in the Ciona embryo

マイクロアレイとin situ hybridizationによる発現解析（概要版）

データ説明

info データ名 マイクロアレイとin situ hybridizationによる発現解析（概要版）
info DOI 
info データ内容の説明 

４回のマイクロアレイ実験から得られたデータと、マイクロアレイ実験によりスクリーニングされたレチノイン酸標的遺伝子のWhole mount in situ hybridization法による発現解析結果。 マイクロアレイ実験結果については、概要版（簡易検索）では、要約のみを掲載する。 各アレイの蛍光強度などのデータの詳細については、オリジナル版にまとめられている。

info データファイル 
データファイル名:
概要版: ra_target_gene.zip
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/ra_target_gene/LATEST/ra_target_gene.zip
ファイルサイズ:
177KB
データファイル名:
オリジナルファイル(Excel形式): RA.zip
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/ra_target_gene/200303/RA.zip
ファイルサイズ:
3.67MB
info 簡易検索URL 
info データ取得方法 

カタユウレイボヤ EST 解析に用いた卵割期・尾芽胚・幼生のライブラリーから、重複のない 9287 クローンの cDNA を載せたマイクロアレイを作製

info 解析方法 

-

info データ件数 

9299件

データ詳細

項目名項目の説明
Order リストの通し番号 (Geometrical avg.の数値の高い順)
Block マイクロアレイ上のブロック番号
Column マイクロアレイ上のブロック内での列番号
Row マイクロアレイ上のブロック内での行番号
Cluster ID (Link to Ghost DB) クラスターID （Ghost Databaseに由来、リンク）
EST sequence similarities (BLASTX results) 当該EST配列のBLASTX検索の結果、相同性のあった遺伝子の名称
Clone ID for microarray (From Ghost DB) クローンID （Ghost Databaseに由来）
Average RA:DMSO (Geometrical avg.) 4回のマイクロアレイ実験から得られたRA:DMSO (RA処理とDMSO処理のプローブそれぞれから得られた蛍光強度の比)の幾何平均
Average RA:DMSO (Arithmetic avg.) 4回のマイクロアレイ実験から得られたRA:DMSOの算術平均
Reproducibility of RA:DMSO マイクロアレイ実験の再現性のレベルを以下のA、B、Cで表現している。
A:　4回すべてのマイクロアレイ実験において、RA:DMSO>1.00となる
B: 3回のマイクロアレイ実験において、RA:DMSO>1.00となる
C:　2回のマイクロアレイ実験において、RA:DMSO>1.00となる
Cluster ID/Clone ID for ISH 以下のin situのデータ解析に用いたクローンが属すCluster ID又はClone ID
ISH -DMSO DMSO （dimethylsulfoxide）で処理した場合のWhole mount in situ hybridization法による発現解析結果の顕微鏡画像ファイル名。TogoDB版では、画像が表示される。
ISH -RA RA （retinoic acid）で処理した場合のWhole mount in situ hybridization法による発現解析結果の顕微鏡画像ファイル名。TogoDB版では、画像が表示される。