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生命科学系データベースアーカイブ

Q-TARO

QTL情報

データ説明

info データ名 QTL情報
info DOI 
info データ内容の説明 

代表的QTL情報です。代表的QTLは、463件の論文に由来する1051件のQTL情報から構成されています（2008年3月31日現在）。

info データファイル 
データファイル名:
qtaro_sjis.zip (Shift JIS)
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/qtaro/LATEST/qtaro_sjis.zip
ファイルサイズ:
89 KB
データファイル名:
qtaro_utf8.zip (UTF-8)
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/qtaro/LATEST/qtaro_utf8.zip
ファイルサイズ:
89 KB
info 簡易検索URL 
info データ取得方法 

下記文献検索サイトで得たイネのQTL研究に関する論文1214件から、5096件のイネQTL情報を得ました。
・PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez)
・HighWire (http://highwire.stanford.edu/)
・Jstage (http://www.jstage.jst.go.jp/browse/-char/ja)
・the Rice Genetics Newsletter (http://www.gramene.org/newsletters/rice_genetics/).

info 解析方法 

取得したイネQTL情報に対して、統計上検出された遺伝子座間相互作用あるいは遺伝子×環境間相互作用のQTLは排除しました。さらに染色体上の同一カ所に検出されたQTLを整理し、QTL物理位置の同じ形質名を持ち同じインターバルに検出されたQTLを統一することによって、冗長性の少ない代表的QTL情報を得ました。

info データ件数 

1,051 件

データ詳細

項目名項目の説明
id QTLのID番号
QTL/Gene QTLの名称
Major category 量的形質の主要カテゴリ
Category of object character 形質のカテゴリ
Character 形質
Marker マーカーの種別
No. of marker for position determination 位置決定に用いたマーカーの数
Chr 染色体の番号
Genome start ゲノム上のQTLの開始位置
Genome end ゲノム上のQTLの終了位置
Mapping method マッピング方法
Population 植物の母集団
No. of plants 植物の数
LOD ロッドスコア
Parent A 親品種A
Parent B 親品種B
Direction (Parent) 方向
a) Physical 物理マッピングのマーカー
b) Fine1; interval 微細マッピングの隣接マーカーA
b) Fine2; interval 微細マッピングの隣接マーカーB
b) Fine3; co-segregated 微細マッピングの近接マーカー
c) Interval1; interval 区間マッピングの隣接マーカーA
c) Interval2; interval 区間マッピングの隣接マーカーB
c) Interval3; co-segregated 区間マッピングの近接マーカー
d) Co-segregated 近接マーカー
Explained variance 説明分散
Additive effect 相加効果
Year 由来する文献の年次
Reference source 文献検索方法
以下の3種の方法で検索している。
・Jsa (Jstage)
・Pha (PubMed, HighWire)
・RGN　(Rice Genetics Newsletter)
Reference no. 由来する文献情報の整理番号 (Reference sourceごとに1から振った値)
Reference 書誌
Reference location 文献のURL