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このデータベースについて

サイト間相同性データ

データ説明
データ名
サイト間相同性データ
DOI
10.18908/lsdba.nbdc01144-004
データ内容の説明
既知と未知の結合サイト間の相同性を示すデータです。
データファイル
データファイル名 :
possum_ppair.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
5.4 GB
簡易検索URL
-
データ取得方法

PDB

解析方法

-

データ件数

81,069,340件

データ詳細
項目名 項目の説明
Q:PocketIndex

クエリサイトの内部ID

T:PocketIndex

ターゲットサイトの内部ID

Q:PDB_ID

クエリサイトのPDB ID

T:PDB_ID

ターゲットサイトのPDB ID

Q:HET_Code

クエリサイトのHETコード

T:HET_Code

ターゲットサイトのHETコード

Q:ChainID

クエリサイトのある鎖のID

T:ChainID

ターゲットサイトのある鎖のID

Q:Res.No.

クエリサイトのアミノ酸残基番号

T:Res.No.

ターゲットサイトのアミノ酸残基番号

Cosine

物理化学・幾何学的な特性で比較したコサイン類似度

AlignedLength

アミノ酸アライメント長

RMSD

平均二乗偏差

TM-score

タンパク質構造で比較したTemplate modeling score

Pval

類似度のP-Value

AminoIdentity

アミノ酸の一致率

MolName

サイトの分子名

EC

サイトのEC ID

CATH

サイトのCATH ID

SCOPe

サイトのSCOPe ID

UniProt

サイトのUniProt ID

UniRef50

サイトのUniRef50クラスタID(解析当時のもの)

GO1

サイトの分子機能を表すGene Ontology

GO2

サイトの分子機能を表すGene Ontology

GO3

サイトの分子機能を表すGene Ontology

AlignedResidues

アミノ酸残基アライメント結果