データベースの説明

データベース全般
名称	Plabrain DB
名称の読み方	プラブレインディービー
別名	Planarian Brain Database
DOI	10.18908/lsdba.nbdc01108-000
作成者	作成氏名阿形清和* 作成者英名 Kiyokazu Agata 作成者所属京都大学作成氏名西村周泰作成者英名 Kaneyasu Nishimura 作成者所属京都大学作成氏名西村理作成者英名 Osamu Nishimura 作成者所属京都大学作成氏名林哲太郎作成者英名 Tetsutaro Hayashi 作成者所属理化学研究所発生･再生科学総合研究センター作成氏名樽井寛作成者英名 Hiroshi Tarui 作成者所属理化学研究所発生･再生科学総合研究センター
連絡先	〒606-8502 京都市左京区北白川追分町京都大学大学院理学研究科生物科学専攻生物物理学教室分子発生学講座 Email:
データベース分類	マイクロアレイデータ、その他の発現データのデータベース
生物種	Taxonomy Name Dugesia japonica Taxonomy ID 6161
データベースの説明	プラナリアの神経回路形成に関わる遺伝子群の、単一細胞ごとの遺伝子発現情報、Whole-mount in situ hybridizationによる発現解析、および組織免疫染色による解析データを収録したデータベース。特に、FACS (Fluorescence Activated Cell Sorting)を用いた半定量的single-cell PCR (FBSC-PCR)手法による、単一細胞レベルの発現解析結果の初めての公開となる。
データベースの特長・有用性・活用方法	半定量的single-cell RT-PCRとFACSを組み合わせた独自の手法により、プラナリアの単一ニューロンごとの遺伝子の発現パターンを解析し公開した点が特長である。ScholarpediaのPlanaria nervous systemを本データベースと併せて参照されたい。またin situ hybridizationデータについては、JT生命誌研究館のサイトから公開されている「Oh!脳」でも、関連するいくつかの遺伝子の情報を閲覧できる。
データベースの利用許諾	CC 表示-継承詳細
予算的背景・プロジェクト	本データベースについて、single cellでの遺伝子プロファイル法については、代表者が理化学研究所・発生再生総合科学研究センターに所属する時に確立されたものである。神経特異的な遺伝子の解析については、学術創成研究 (平成17-21年度、課題番号:17GS0318)『プラナリアの再生組織構築を決定する位置情報システムの解明』の成果として作成されたものである。
論文等	文献名 Single-cell gene profiling utilizing FACS and its “index sorting” function for stem cell research 著者名 Tetsutaro Hayashi, Norito Shibata, Ryo Okumura, Tomomi Kudome, Osamu Nishimura, Hiroshi Tarui and Kiyokazu Agata 雑誌名/掲載年月/号 Dev Growth Differ., 52, 131-144 (2010) 外部リンク文献名 Analysis of motor function modulated by cholinergic neurons in planarian Dugesia japonica 著者名 Kaneyasu Nishimura, Yoshihisa Kitamura, Takashi Taniguchi and Kiyokazu Agata 雑誌名/掲載年月/号 Neuroscience, 168, 18-30 (2010) 外部リンク文献名 Planarians change their body size by maintaining a constant ratio of different cell types using stem cell system 著者名 Hiroyuki Takeda, Kaneyasu Nishimura and Kiyokazu Agata 雑誌名/掲載年月/号 Zoolog. Sci., 26, 805-813. 外部リンク文献名 Characterization of tyramine beta-hydroxylase in planarian Dugesia japonica: Cloning and expression 著者名 Kaneyasu Nishimura, Yoshihisa Kitamura, Takeshi Inoue, Yoshihiko Umesono, Kanji Yoshimoto, Takashi Taniguchi and Kiyokazu Agata 雑誌名/掲載年月/号 Dev Growth Differ., 52, 131-144 (2010) 外部リンク文献名 Identification and distribution of tryptophan hydroxylase (TPH)-positive neurons in the planarian Dugesia japonica 著者名 Kaneyasu Nishimura, Yoshihisa Kitamura, Takeshi Inoue, Yoshihiko Umesono, Kanji Yoshimoto, Kosei Takeuchi, Takashi Taniguchi and Kiyokazu Agata 雑誌名/掲載年月/号 Neurosci. Res., 59, 101-106 (2007) 外部リンク文献名 Reconstruction of dopaminergic neural network and recovery of behavioral function in planarian regenerates 著者名 Kaneyasu Nishimura, Yoshihisa Kitamura, Takeshi Inoue, Yoshihiko Umesono, Shozo Sano, Kanji Yoshimoto, Masatoshi Inden, Kazuyuki Takata, Takashi Taniguchi, Shun Shimohama and Kiyokazu Agata 雑誌名/掲載年月/号 Dev. Neurobiol., 67, 1059-1078 (2007) 外部リンク
データベースのオリジナルサイト情報
データベース運用場所	京都大学大学院理学研究科生物科学専攻生物物理学教室分子発生学講座
オリジナルサイト	-
運用開始年月日	-
最終更新年月日	-
統括サイト	-
データの一括ダウンロードサイト	-
参照先データベース	-
一覧表示	無し
クエリ検索	無し
Webサービス	無し
WebサービスURL	-
ユーザ登録	無し