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生命科学系データベースアーカイブ

PCDq

タンパク質相互作用

データ説明

info データ名 タンパク質相互作用
info DOI 
info データ内容の説明 

タンパク質相互作用に関する情報。
DIPについては、データ再配布についてDIP開発者から許可をいただきました。ここに記して感謝の意を表します。

info データファイル 
データファイル名:
pcdq_public_ppi.zip
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/pcdq/LATEST/pcdq_public_ppi.zip
ファイルサイズ:
680 KB
info 簡易検索URL 
info データ取得方法 

タンパク質間相互作用データは BIND, DIP, MINT, HPRD, IntAct, および GNP_Y2H の6つのデータベースから取得しました。

info 解析方法 

データベースから取得したタンパク質間相互作用データを統合し、タンパク質とタンパク質間相互作用データセットを作成しました。収集したタンパク質間相互作用データから非冗長なタンパク質間相互作用データセットを作成するため、 タンパク質のAccession No. (UniProt, RefSeq, GI, GenBank ID)からアミノ酸配列を取得し、 すべての配列について生物種ごとに同一相同性クラスタリング (95%以上の領域において、98%以上の相同性を持つタンパク質同士のグループ化)を行って、冗長性を取り除きました。 非冗長な統合タンパク質間相互作用データセットのうち、 ヒトのタンパク質間相互作用情報をH-InvDBのタンパク質セットに割り当てた結果、 9,268件のタンパク質からなる32,198件のヒトのタンパク質間相互作用情報が得られました。

info データ件数 

32,198 件

データ詳細

項目名項目の説明
Rep HIP A 相互作用するタンパク質Aの代表HIP ID (H-InvDBタンパク質ID)
Rep HIP B 相互作用するタンパク質Bの代表HIP ID (H-InvDBタンパク質ID)
Rep HIT A 相互作用するタンパク質Aの代表HIT ID (H-InvDB転写産物ID)
Rep HIT B 相互作用するタンパク質Bの代表HIT ID (H-InvDB転写産物ID)
BIND タンパク質の外部DB参照 (BIND)
DIP タンパク質の外部DB参照 (DIP)
MINT タンパク質の外部DB参照 (MINT)
HPRD タンパク質の外部DB参照 (HPRD)
HPRDは相互作用に対するID採番がされていないため、相互作用するタンパク質A・BのIDを記載している
IntACT タンパク質の外部DB参照 (IntACT)
GNP_Y2H タンパク質の外部DB参照 (GNP_Y2H)
エラーにより現バージョンでは空欄、次回訂正予定。
PubMed ID 当該タンパク質相互作用に関する文献PubMed ID
Experimental Method 当該タンパク質相互作用の検出に用いられた実験手法 (The Proteomics Standards Initiative Molecular Interaction Standard,PSI-MI, controlled vocabulary に従って記載)