このデータベースについて

タンパク質複合体メンバー

データ説明

データ名

タンパク質複合体メンバー

DOI

10.18908/lsdba.nbdc01200-002

データ内容の説明

複合体に属するタンパク質の情報

データファイル

データファイル名 :

pcdq_subunit_member.zip

データのURL :

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/pcdq/LATEST/pcdq_subunit_member.zip

ファイルサイズ :

673 KB

簡易検索URL

http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/pcdq_subunit_member

データ取得方法

タンパク質情報はH-InvDBのものを使いました。相互作用データについては「タンパク質相互作用」のものを用いました。遺伝子発現データについてはH-AngelのiAFLP data (JBIRC)を用いました。

解析方法

H-InvDBでは、ヒト転写産物（cDNA, mRNA, RNA）の塩基配列を解析対象として、タンパク質データベースに対して配列相同性検索プログラム(FASTY・BlastX)を実行し、配列の類似性およびGeneMarkによる遺伝子予測結果との組み合わせにより転写産物配列中でタンパク質をコードしている領域(CDS)を予測しています。
ゲノム上の重複を除いて定義されるクラスター(遺伝子座)の代表的な配列を代表配列 (rep_HIP)と定義しました。代表配列は、それぞれのクラスターメンバーを考慮して手動アノテーションで定義しています。
予測されたアミノ酸配列に対しモチーフ予測プログラム(InterProScan)を実行しタンパク質の機能予測を行った後、手動アノテーションを行いました。既知タンパク質または機能性モチーフ情報を用いて、タンパク質情報の信頼度におけるカテゴリ分けを行っています (HIT_category)。また、複合体タンパク質としての信頼度によるカテゴリー分けも行いました(Category)。

データ件数

5,569 件

データ詳細

項目名	項目の説明
Complex ID	複合体ID
Rep HIP	代表HIP ID (H-InvDB タンパク質ID)
Category	複合体内における信頼度1:対象タンパク質が複合体を構成することが文献や立体構造で明らかになっているもの2:対象タンパク質が複合体に対して、関連する機能を持っているもの3:カテゴリーI, IIに分類されない物であるが、ネットワーク解析により複合体構成タンパク質であると予測されているもの
Rep HIT	代表HIT ID (H-InvDB 転写産物ID)
Rep HIX	代表HIX ID (H-InvDB 遺伝子座ID)
HIT Category	代表HIT IDの信頼度指標1: 既知のヒトタンパク質 2: 既知のタンパク質と相同なタンパク質 3: InterProドメインをもつタンパク質 4: 保存されたhypothetical protein 5: hypothetical protein
Gene Symbol	EntrezGene Symbol
Number of PPI Members	当該タンパク質が関与するPPI数
Description	タンパク質の詳細
Expression	iAFLP data (JBIRC) によって決定された10組織カテゴリにおける組織特異的発現量。数値は「neural, blood/spleen/LND, dermal_connective, placenta/testis/ovary, muscle/heart, stomach/colon, liver, lung, kidney/bladder, endocrine_exocrine」の組織順。
Subcellular Localization	細胞内局在
UniProt	タンパク質の外部DB参照 (UniProt)
RefSeq	タンパク質の外部DB参照 (RefSeq)
GI	タンパク質の外部DB参照 (GI)
CCDS	タンパク質の外部DB参照 (CCDS)
PDB	タンパク質の外部DB参照 (PDB)