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このデータベースについて

タンパク質複合体リスト

データ説明
データ名
タンパク質複合体リスト
DOI
10.18908/lsdba.nbdc01200-001
データ内容の説明
タンパク質複合体の情報
データファイル
データファイル名 :
pcdq_complex_list.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
136 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/pcdq_complex_list
データ取得方法

タンパク質間相互作用データについては 「タンパク質相互作用」に記述したデータを用いました。既知の複合体情報は、文献情報、構造解析結果を人の手によって調べました。

解析方法

データベースから取得したタンパク質間相互作用データを統合し、タンパク質とタンパク質間相互作用データセットを作成しました (2007年11月)。 これらから形成されるPPIネットワークから、タンパク質複合体/機能単位の予測を行いました。 そのすべての予測結果について、人手による既知の複合体情報との照合、情報の付加・修正を行いました。

データ件数

1,266 件

データ詳細
項目名 項目の説明
Complex ID

複合体ID

Complex Name

複合体名称

Description

複合体の詳細

CQI

CQI (Complex Annotation Quality Check Index)値品質管理指標 "I.II.III/Total proteins"(I, II, IIIは「タンパク質複合体メンバー」の項目”Category”の数値 (1,2,3) に対応し、複合体構成タンパク質のうち各カテゴリに属するタンパク質の数を示す。表現CQI=0.0.3/3)

Number of member proteins

複合体のメンバータンパク質数

Complex Type

複合体タイプ

Function Category

機能カテゴリ

Subcellular Localization

細胞内局在