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このデータベースについて

CELファイル属性情報

データ説明
データ名
CELファイル属性情報
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00954-01-003
データ内容の説明
各CELファイルについて説明している属性情報のリスト
データファイル
データファイル名 :
open_tggates_cel_file_attribute.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
199 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/open_tggates_cel_file_attribute
データ取得方法

-

解析方法

-

データ件数

24,023件

データ詳細
項目名 項目の説明
BARCODE

使用したGeneChipを識別するためのバーコードです。CELファイル名の拡張子を除いた部分はこのBARCODEと一致します。

ARR_DESIGN

GeneChipのデザイン名です。トキシコゲノミクスプロジェクトではHumanのチップはHG-U133_Plus_2、RatのチップはRat230_2を用いています。

EXP_ID

実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040~となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。

GROUP_ID

群毎に付けられたIDです。01~16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。

INDIVIDUAL_ID

同一群内で、in vivo試験における個体、in vitro試験における試料に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。

ORGAN

臓器の種類を表しています。LiverとKidneyの2種類が存在します。

MATERIAL_ID

遺伝子発現データの取得に用いたサンプル切片を識別するためのIDです。Aから始まりB、Cという記号が付与されています。

COMPOUND_NAME

化合物の名称です。

COMPOUND_ABBREVIATION

化合物の略称です。

COMPOUND_NO

化合物識別のために割り振った番号です。通し番号となっておらず欠番も存在します。

SPECIES

生物種を表しています。

EXP_TEST_TYPE

実験系(in vivo試験、in vitro試験)を表しています。

SINGLE_REPEAT_TYPE

in vivo試験における投与回数(単回投与:Single、28日間反復投与:Repeat)を表しています。

SEX_TYPE

性別を表しています。

STRAIN_TYPE

in vivo試験におけるラットの系統を表しています。

ADMINISTRATION_ROUTE_TYPE

化合物の投与経路を表しています。

ANIMAL_AGE(week)

in vivo試験におけるラットの週齢を表しています。6週齢データのみが存在します。

SACRIFICE_PERIOD

in vivo試験における屠殺時間、in vitro試験における曝露時間を表しています。

DOSE

投与量を表しています。

DOSE_UNIT

投与量の単位を表しています。

DOSE_LEVEL

投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。