このデータベースについて

CELファイル同梱情報

データ説明

データ名

CELファイル同梱情報

DOI

10.18908/lsdba.nbdc00954-01-013

データ内容の説明

７つのデータ（CELファイル属性情報・細胞試料・細胞生存率情報・個体リスト・臓器重量情報・血液学情報・血液化学情報）を一つにまとめたテーブルです。<a href="jp/open-tggates/data-2.html">遺伝子発現データ(CELファイル)</a>からダウンロードできるZIPファイルの各々には、関連部分を同じ形式でAttributes.tsvというファイル名で同梱しています。

データファイル

データファイル名 :

Open-tggates_AllAttribute.zip

データのURL :

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/open-tggates/LATEST/Open-tggates_AllAttribute.zip

ファイルサイズ :

1.8 MB

簡易検索URL

http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/open_tggates_attribute

データ取得方法

解析方法

データ件数

33,566件

データ詳細

項目名	項目の説明
BARCODE	使用したGeneChipを識別するためのバーコードです。CELファイル名の拡張子を除いた部分はこのBARCODEと一致します。ただし、「No ChipData」のデータは、遺伝子発現解析実験を行っておりませんので、対応するCELファイルはありません。
ARR_DESIGN	GeneChipのデザイン名です。トキシコゲノミクスプロジェクトではHumanのチップはHG-U133_Plus_2、RatのチップはRat230_2を用いています。
EXP_ID	実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。
GROUP_ID	群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。
INDIVIDUAL_ID	同一群内で、in vivo試験における個体、in vitro試験における試料に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。
ORGAN	臓器の種類を表しています。LiverとKidneyの2種類が存在します。
MATERIAL_ID	遺伝子発現データの取得に用いたサンプル切片を識別するためのIDです。Aから始まりB、Cという記号が付与されています。
COMPOUND_NAME	化合物の名称です。
COMPOUND_ABBREVIATION	化合物の略称です。
COMPOUND_NO	化合物識別のために割り振った番号です。通し番号となっておらず欠番も存在します。
SPECIES	生物種を表しています。
EXP_TEST_TYPE	実験系（in vivo試験、in vitro試験）を表しています。
SINGLE_REPEAT_TYPE	in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。
SEX_TYPE	性別を表しています。
STRAIN_TYPE	in vivo試験におけるラットの系統を表しています。
ADMINISTRATION_ROUTE_TYPE	化合物の投与経路を表しています。
ANIMAL_AGE(week)	in vivo試験におけるラットの週齢を表しています。6週齢データのみが存在します。
SACRIFICE_PERIOD	in vivo試験における屠殺時間、in vitro試験における曝露時間を表しています。
DOSE	投与量を表しています。
DOSE_UNIT	投与量の単位を表しています。
DOSE_LEVEL	投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。
臓器の重量	-
TERMINAL_BW(g)	屠殺時の体重
LIVER(g)	肝臓の重量
KIDNEY_TOTAL(g)	腎臓の重量
KIDNEY_R(g)	右腎の重量
KIDNEY_L(g)	左腎の重量
血液学検査	-
RBC(x10_4/ul)	赤血球数
Hb(g/dL)	ヘモグロビン量
Ht(%)	ヘマトクリット値
MCV(fL)	平均赤血球容積
MCH(pg)	平均赤血球血色素量
MCHC(%)	平均赤血球血色素濃度
Ret(%)	網赤血球率
Plat(x10_4/uL)	血小板数
WBC(x10_2/uL)	白血球数
Neu(%)	好中球比（白血球百分率）
Eos(%)	好酸球比（白血球百分率）
Bas(%)	好塩基球比（白血球百分率）
Mono(%)	単球比（白血球百分率）
Lym(%)	リンパ球比（白血球百分率）
PT(s)	プロトロンビン時間
APTT(s)	活性化部分トロンボプラスチン時間
Fbg(mg/dL)	フィブリノーゲン量
血液化学検査	-
ALP(IU/L)	アルカリフォスファターゼ
TC(mg/dL)	総コレステロール
TG(mg/dL)	中性脂肪
PL(mg/dL)	リン脂質
TBIL(mg/dL)	総ビリルビン
DBIL(mg/dL)	直接ビリルビン
GLC(mg/dL)	グルコース
BUN(mg/dL)	血中尿素窒素
CRE(mg/dL)	クレアチニン
Na(meq/L)	ナトリウム
K(meq/L)	カリウム
Cl(meq/L)	塩素
Ca(mg/dL)	カルシウム
IP(mg/dL)	無機リン
TP(g/dL)	総蛋白質
RALB(g/dL)	アルブミン
A/G	A/G比　（アルブミン・グロブリン比）
AST(IU/L)	アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ
ALT(IU/L)	アラニンアミノトランスフェラーゼ
LDH(IU/L)	乳酸脱水素酵素
GTP(IU/L)	γグルタミルトランスペプチダーゼ
細胞生存率	-
DNA(%)	ＤＮＡ含量を基に算出した相対生存率
LDH(%)	培養上清中に漏出したＬＤＨの活性値を基に算出した相対生存率