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生命科学系データベースアーカイブ

GlycoProtDB

データベースの説明

データベース全般

info 名称 GlycoProtDB
info 名称の読み方 グライコプロットディービー
info 別名 GPDB
info DOI 
info 作成者 
作成者氏名:
梶 裕之*
作成者英名:
Hiroyuki Kaji
作成者所属:
産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター
作成者氏名:
礒辺 俊明
作成者英名:
Toshiaki Isobe
作成者所属:
首都大学東京 大学院理工学研究科
作成者氏名:
菊池 紀広
作成者英名:
Norihiro Kikuchi
作成者所属:
三井情報開発株式会社
作成者氏名:
高橋 順子
作成者英名:
Yoriko Takahashi
作成者所属:
三井情報開発株式会社
作成者氏名:
鹿内 俊秀
作成者英名:
Toshihide Shikanai
作成者所属:
三井情報開発株式会社（作成時）
作成者氏名:
成松 久
作成者英名:
Hisashi Narimatsu
作成者所属:
産業技術総合研究所 糖鎖医工学研究センター
info 連絡先 

産業技術総合研究所　糖鎖医工学研究センター

〒305-8568
茨城県つくば市梅園1-1-1
中央第2事業所　OSL

029-861-3124

info データベース分類 構造データベース―炭水化物(Carbohydrates)
info 生物種 
生物種名:
Caenorhabditis elegans
Taxonomy ID:
生物種名:
Homo sapiens
Taxonomy ID:
生物種名:
Mus musculus
Taxonomy ID:
info データベースの説明 

質量分析法を主体としたプロテオミクスの手法で実験的に同定されたN結合型糖タンパク質のデータベース。由来の生物種、試料組織、同定されたタンパク質の アミノ酸配列上の糖鎖付加位置、当該部位を含む糖ペプチドと親和性を示すレクチンの種類、の他、アミノ酸配列上の構造モチーフ(シグナル配列や膜貫通領域 の予測データ)、および同定された糖タンパク質の類縁分子についての外部データベースへのリンク、を含む。

info データベースの特長・有用性・活用方法 

興味あるタンパク質に糖鎖が結合しているか、結合している場合はその位置と、その部位に結合している糖鎖と親和性を示したレクチン名を知ることができる。 ただし、結合していないことを確定することはできない。糖鎖付加位置情報は膜タンパク質の配向を推定するために有効であり、また配向の予測プログラムを開 発する際の学習セットとして利用できる。またマウスタンパク質については、発現している組織の情報を得られる。

info データベースの利用許諾 CC 表示-継承 詳細
info 予算的背景・プロジェクト 
名称:
経済産業省 NEDO糖鎖構造解析プロジェクト
info 論文等 
文献名:
Proteomics reveals N-linked glycoprotein diversity in Caenorhabditis elegans and suggests an atypical translocation mechanism for integral membrane proteins.
著者名:
Kaji H, Kamiie J, Kawakami H, Kido K, Yamauchi Y, Shinkawa T, Taoka M, Takahashi N, Isobe T.
雑誌名/掲載年月/号:
Mol Cell Proteomics. 2007 Dec;6(12):2100-9. Epub 2007 Aug 30.
外部リンク:
 
文献名:
Large-scale identification of N-glycosylated proteins of mouse tissues and construction of a glycoprotein database, GlycoProtDB.
著者名:
Kaji H, Shikanai T, Sasaki-Sawa A, Wen H, Fujita M, Suzuki Y, Sugahara D, Sawaki H, Yamauchi Y, Shinkawa T, Taoka M, Takahashi N, Isobe T, Narimatsu H.
雑誌名/掲載年月/号:
J Proteome Res. 2012 Sep 7;11(9):4553-66. doi: 10.1021/pr300346c. Epub 2012 Aug 13.
外部リンク:
 
文献名:
Large-scale identification of target proteins of a glycosyltransferase isozyme by Lectin-IGOT-LC/MS, an LC/MS-based glycoproteomic approach.
著者名:
Sugahara D, Kaji H, Sugihara K, Asano M, Narimatsu H.
雑誌名/掲載年月/号:
Sci Rep. 2012;2:680. Epub 2012 Sep 21.
外部リンク:
 
文献名:
Glycoproteomic discovery of serological biomarker candidates for HCV/HBV infection-associated liver fibrosis and hepatocellular carcinoma.
著者名:
Kaji H, Ocho M, Togayachi A, Kuno A, Sogabe M, Ohkura T, Nozaki H, Angata T, Chiba Y, Ozaki H, Hirabayashi J, Tanaka Y, Mizokami M, Ikehara Y, Narimatsu H.
雑誌名/掲載年月/号:
J Proteome Res. 2013 Jun 7;12(6):2630-40. doi: 10.1021/pr301217b. Epub 2013 Apr 30.
外部リンク:
 

データベースのオリジナルサイト情報

info データベース運用場所 

グライコプロテオーム解析チーム

info オリジナルサイト 
info 運用開始年月日 2008/8
info 最終更新年月日 2013/4/30
info 統括サイト 
info データの一括ダウンロードサイト -
info 参照先データベース 

NCBI

info 一覧表示 無し
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