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このデータベースについて

メインテーブル

データ説明
データ名
メインテーブル
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00077-001
データ内容の説明
ORFと遺伝子の情報を中心に、クローンや配列情報へのリンクを表示したテーブル。GenoBaseデータの全体像を俯瞰することができる。
データファイル
データファイル名 :
genobase_main.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
159KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/genobase_v6_main
データ取得方法

-

解析方法

-

データ件数

5,626件

データ詳細
項目名 項目の説明
Gene ID

遺伝子のID

Gene Name

遺伝子の名前

Synonym

遺伝子名のシノニム

Left Point

ORFのゲノム上の開始位置

Right Point

ORFのゲノム上の終了位置

Direction

ORFの向き(5'->3'なら1、3'->5'なら-1、不明なら0)

Description

遺伝子の説明

Old JW

以前のバージョンのGenoBaseにおけるGene ID

MG1655 ID

この遺伝子情報を得るためにシーケンスされたMG1655クローンのID

New JW

現在のバージョンのGenoBaseにおけるGene ID(現在使用されていないエントリに付与されている)

Accession

遺伝子に関連するUniprotエントリのID

ECK No

このエントリに対応するEscherichia coli K-12株上の遺伝子番号、ECK-COG情報にリンク

Status

このエントリの状態(最新であれば"current"、古いものであればどのバージョンで変更されたかが記載されている)

ASKA Clone

この遺伝子についてPPI実験を行ったASKA Cloneの情報にリンク

DEL Clone

この遺伝子の欠失株であるKeio Collectionの情報にリンク

Reference

この遺伝子について記載された文献番号(文献情報にリンク)

Sequence

このORFの配列情報にリンク