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生命科学系データベースアーカイブ

Gclust Server

クラスタリング結果

データ説明

info データ名 クラスタリング結果
info DOI 
info データ内容の説明 

Gclustプログラムの実行結果。 プログラム実行時の条件、クラスターID、クラスター分けに使用された閾値、クラスターに属する配列ID、 関連グループの配列IDなどの情報が記載されている。

info データファイル 
データファイル名:
all95m8.hom.1.zip
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/gclust/LATEST/original/all95m8.hom.1.zip
ファイルサイズ:
140MB
info 簡易検索URL 
info データ取得方法 

-

info 解析方法 

-

info データ件数 

-

データ詳細

ファイル構成

1-80行目：gclustプログラムの実行時の条件など
81行目以降：各クラスターごとの情報。
  END Related groups

クラスター毎のフォーマット

Group [クラスターID]: [クラスターに属する配列数] sequences. Final thr =   [閾値]
Group [クラスターID]: [クラスターに属する配列数] sequences. Final thr =   [閾値]
[クラスターに属する配列ID]    [配列長]    [クラスター内の配列同士のホモロジーの有無]クラスターに属する配列数の列数）]　[アノテーションの一部]
（クラスターに属する配列個々の情報が記載される）
…
(関連グループのリスト）
  Related groups
  Related groups
    [関連クラスターID]([左記クラスターIDに属する配列数]): [配列ID0]
  END Related groups

各クラスターごとの情報のサンプル（クラスターID:2400の場合）

Group 2400: 38 sequences. Final thr =   1.00e-40
Group 2400: 38 sequences. Final thr =   1.00e-40
DPTM_GSPATP00030510001    306    1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0    no_annotation [corr_length=199
DPTM_GSPATP00030510001    306    1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0    no_annotation [corr_length=199
DPTM_GSPATP00024153001    523    1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0    no_annotation [corr_length=432
DPTM_GSPATP00009361001    519    1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0    no_annotation [corr_length=425
DPTM_GSPATP00019846001    516    1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0    no_annotation [corr_length=425
DPTM_GSPATP00005476001    512    1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0    no_annotation [corr_length=421
DPTM_GSPATP00030509001    181    0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0    no_annotatio
Bja_blr2222=dadA    421    0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1    D-amino_acid_dehydrogenase_small_subuni
Rsh_Rsph17029_3842    436    0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1    FAD_dependent_oxidoreductas
Rsp_RSP_3113=dadA    436    0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1    D-amino_acid_dehydrogenase_small_subuni
Bpe_BP2210    429    0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1    D-amino_acid_dehydrogenase_small_subuni
Bms_BRA0702    442    0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0    D-amino_acid_oxidase_family_protei
Rhe_RHE_PF00436=dadA    422    0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1    D-amino-acid_dehydrogenase,_small_subunit_protei
Eco_b1189=dadA    432    0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1    D-amino_acid_dehydrogenas
Bma_BMA0408=dadA    428    0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1    D-amino_acid_dehydrogenase_small_subuni
Rso_RSc0926=dadA    429    0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1    D-amino_acid_dehydrogenase_small_subuni
Mlo_mll3992    418    0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1    D-amino_acid_dehydrogenase_small_subuni
Sme_SMc03265    429    0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0    PUTATIVE_AMINO_ACID_DEHYDROGENASE_TRANSMEMBRANE_P
Eba_ebA1192=dadA    421    0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1    D-amino_acid_dehydrogenase_small_subuni
Mes_Meso_0395    421    0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0    FAD_dependent_oxidoreductas
Rpa4_RPB_1124    411    0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0    D-amino-acid_dehydrogenas
Mlo_mlr9201    412    0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0    D-amino_acid_dehydrogenase_small_subuni
Rle_RL2917=dadA    403    0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0    putative_D-amino_acid_dehydrogenas
Bma_BMA1447    434    0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0    D-amino_acid_dehydrogenase,_small_subunit,_putati
Bja_bll6812    421    0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0    putative_dehydrogenas
Bpe_BP3009    419    0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1    putative_D-amino_acid_dehydrogenase_small_subuni
Fal_FRAAL5656    429    0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0    D-amino_acid_dehydrogenase_small_subuni
Pst_PSPTO_0255    384    0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0    oxidoreductase,_FAD-bindin
Rle_pRL120605    441    0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0    putative_amino_acid_deaminas
Rhe_RHE_PF00361    441    0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0    probable_deaminase_protei
YelB_CYB_1710    365    0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0    oxidoreductase,_FAD-bindin
Atu_Atu3414=agaE    441    0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0    agaE_protei
Gox_GOX0632    418    0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1    D-amino_acid_dehydrogenase_small_subuni
Cvi_CV3692    415    0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1    probable_D-amino-acid_dehydrogenas
Rpa4_RPB_1503    425    0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1    D-amino-acid_dehydrogenas
PHRA_81898    611    0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0    fgenesh1_pg.C_scaffold_65000034;_no_annotation [corr_length=202
PHSO_134707    617    0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0    estExt_fgenesh1_pg.C_330097;_no_annotation [corr_length=201
PHSO_134710    617    0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0    estExt_fgenesh1_pg.C_330100;_no_annotation [corr_length=201
PoTR_588004    361    0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1    eugene3.22680003 [corr_length=191
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    402(111): CEL_Y106G6H.5_3256361
    402(111): CEL_Y37E3.17_7199405
    422(110): Atu_Atu0194=ord
    422(110): Atu_Atu2560=ord
    422(110): Bsu_BSU11670=gox
    422(110): Atu_Atu3404=ord
    422(110): CME_CMM298
    422(110): PTR_3154
    422(110): Bma_BMAA129
    422(110): Atu_Atu0601=ord
    1221(65): TPS_2062
    1909(45): Atu_Atu233
    1909(45): Bsu_BSU32630=yur
    1909(45): PPT_12185
    1909(45): Atu_Atu2568=thi
    1909(45): TPS_26365
    1950(44): Atu_Atu3050=aga
    1950(44): HSA_6049900
    1950(44): ATH_AT2G24580_1522416
    1950(44): TET_45.m0016
    1950(44): DPTM_GSPATP0002659300
    1950(44): PoTR_67257
    1950(44): PHRA_7561
    1950(44): TPS_3827
    1950(44): TET_20.m0044
    1950(44): CRE_15323
    1950(44): PHSO_13354
    1950(44): PoTR_73748
    2105(42): Atu_Atu0192=dad
    2105(42): Rrub_Rru_A154
    2105(42): Bma_BMAA193
    2105(42): Vvy_VV078
    2105(42): Atu_Atu3293=dad
    2105(42): Bms_BRA0924=dad
    2105(42): Rle_pRL120417=dad
    2105(42): Cvi_CV1914=dadA
    2105(42): Bpe_BP1818=dad
    2105(42): Pst_PSPTO_0101=dad
    2105(42): Mlo_mlr569
    2105(42): Fra_Francci3_347
    2105(42): Rso_RSc050
    2105(42): Bms_BRA063
    2105(42): Atu_Atu336
    2105(42): Atu_Atu4682=dad
    2105(42): Mes_Meso_436
    2105(42): Bja_bll430
    2507(36): Atu_Atu4066=sox
    2507(36): Atu_Atu4310=sox
    2507(36): Atu_Atu4224=sox
    2507(36): Bms_BR0229=sox
    3333(29): HSA_8906179
    3333(29): Atu_Atu163
    4345(24): Atu_Atu395
    5936(18): Bja_blr644
    5936(18): ATH_AT5G67290_1524026
    5936(18): OSA_Os07g015510
    5936(18): CRE_18936
    5936(18): PPT_12138
    5936(18): PoTR_55839
    7620(14): DME_CG10655_1798598
    7620(14): HSA_892370
    7620(14): DME_CG3270_2012972
    7620(14): TPS_26443
    7620(14): Bma_BMA057
    11780(9): Bja_bll671
    12830(8): PoTR_79450
    14449(7): Bja_blr765
    14864(7): PoTR_82388
    14864(7): OSA_Os09g0514100@
    14864(7): OSA_Os09g0514100@
    14864(7): ATH_AT5G48440_7961289
    14864(7): ATH_AT5G48440_7953191
    21463(5): Bma_BMAA141
    21463(5): PHSO_13354
    42665(2): PoTR_79139
    79268(1): HSA_2479715
    81322(1): TPS_2286
    82256(1): DME_CG6385_2013009
    83000(1): PTR_4638
    84704(1): HSA_2136137
    92032(1): HSA_3226132
    94906(1): DME_CG3626_2857110
    98511(1): CEL_Y37E3.17_7199404
    115915(1): PPT_15802
    116951(1): TPS_26144
    122499(1): CRE_18958
  END Related groups