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生命科学系データベースアーカイブ

eSOL

データベースの説明

データベース全般

info 名称 eSOL
info 名称の読み方 イーソル
info 別名 Solubility database of all E.coli proteins
info DOI 
info 作成者 
作成者氏名:
丹羽 達也
作成者英名:
Tatsuya Niwa
作成者所属:
東京工業大学 大学院生命理工学研究科 生体分子機能工学専攻
作成者氏名:
菅原 秀明
作成者英名:
Hideaki Sugawara
作成者所属:
国立遺伝学研究所 データベース運用開発プロジェクト
作成者氏名:
上田 卓也
作成者英名:
Takuya Ueda
作成者所属:
東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカルゲノム専攻
作成者氏名:
田口 英樹*
作成者英名:
Hideki Taguchi
作成者所属:
東京工業大学 大学院生命理工学研究科 生体分子機能工学専攻
info 連絡先 

東京工業大学 大学院生命理工学研究科 生体分子機能工学専攻
田口 英樹（Hideki Taguchi）
E-mail:
Tel.: 045-924-5785

info データベース分類 タンパク質配列データベース-タンパク質属性
info 生物種 
生物種名:
Escherichia coli
Taxonomy ID:
info データベースの説明 

再構築型の試験管内タンパク質合成系を用いて、大腸菌の全てのタンパク質を発現させた際の凝集の度合い(可溶率)と合成量をまとめたデータベース。788個の凝集性タンパク質に対しては、2012年5月に分子シャペロンの凝集抑制効果データが追加されている。

大腸菌K-12株の全遺伝子のライブラリーであるASKAライブラリー（Kitagawa et al. 2005）のプラスミドから、PCR反応によって各遺伝子断片を増幅し、試験管内タンパク質合成系PURE systemを用いてタンパク質を合成して、遠心分離前後のSDS-PAGEとオートラジオグラフィーで可溶率を求めている。
凝集性タンパク質（シャペロンなし可溶率が30%以下のものとして定義）に対しては、タンパク質合成時に大腸菌の主要なシャペロンであるTrigger Factor (TF), DnaK/DnaJ/GrpE (KJE), GroEL/ES (GroE) をそれぞれ個別に加え、各シャペロンによる可溶率の変化を調べている。

info データベースの特長・有用性・活用方法 

PURE systemは再構築型でありシャペロンの混入が全くないため、合成されたタンパク質自体の可溶率やシャペロンの効果を正確に測ることができる。データはタンパク質のフォールディングの研究の基礎になるとともに、タンパク質の発現を用いる様々な研究・産業の計画・効率化に役立つと考えられる。

info データベースの利用許諾 CC 表示-継承 詳細
info 予算的背景・プロジェクト 
名称:
文部科学省科学研究費補助金　特定領域研究　「生体ナノシステムの制御」17049009、19037007、「タンパク質の社会」19058002
名称:
文部科学省科学研究費補助金　研究活動スタート支援　22870010
名称:
文部科学省科学研究費補助金　基盤研究(A)　18201040
名称:
文部科学省ターゲットタンパク研究プログラム　技術開発分野　「生産」領域PPC1、「情報プラットフォーム」領域IPC1
info 論文等 
文献名:
Global analysis of chaperone effects using a reconstituted cell-free translation system.
著者名:
Niwa T, Kanamori T, Ueda T, Taguchi H.
雑誌名/掲載年月/号:
Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Jun 5;109(23):8937-42.
外部リンク:
 
文献名:
Bimodal protein solubility distribution revealed by an aggregation analysis of the entire ensemble of Escherichia coli proteins.
著者名:
Niwa T, Ying BW, Saito K, Jin W, Takada S, Ueda T, Taguchi H.
雑誌名/掲載年月/号:
Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Mar 17;106(11):4201-6.
外部リンク:
 

データベースのオリジナルサイト情報

info データベース運用場所 

文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム

info オリジナルサイト 
info 運用開始年月日 2009/06/18
info 最終更新年月日 2012/05/02
info 統括サイト 
info データの一括ダウンロードサイト 
info 参照先データベース 

GenoBase

info 一覧表示 無し
info クエリ検索 有り
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info WebサービスURL -
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