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このデータベースについて

タンパク質の可溶率

データ説明
データ名
タンパク質の可溶率
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00440-001
データ内容の説明
<span class="metadata-label">シャペロンを含まない無細胞タンパク質合成系(PURE system)を用い</span>て合成した際<span class="metadata-label">のタンパク質の可溶率。 788個の凝集性タンパク質に対しては、合成時に分子シャペロンを加えた場合の凝集抑制効果データも含む。</span> シャペロンを加えた場合の濃度は以下の通り。 ・TF (Trigger factor): 5.0 (monomer) μM ・GroE (GroEL and GroES): 0.5 (tetradecamer) and 1.0 (heptamer) μM ・KJE (DnaK, DnaJ and GrpE): 5.0 (monomer), 2.0 (monomer), and 2.0 (monomer) μM
データファイル
データファイル名 :
esol.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
192 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/esol
データ取得方法

合成後に一部を分取(Total)した後、残りを遠心(21,600×g、30分)し、上清(Sup)とTotalをそれぞれSDS-PAGEで単離し、[35S]メチオニンのオートラジオグラフィーにより定量している。

解析方法

-

データ件数

4,132件 (うち可溶率データが存在するものが3,173件、シャペロンによる凝集抑制効果データが存在するものが788件)

データ詳細
項目名 項目の説明
JW_ID

大腸菌K-12株W3110亜株に対してGenoBaseで割り当てた遺伝子ID

ECK number

大腸菌K-12株のMG1655亜株・W3110亜株のいずれの遺伝子も参照できるアクセション番号

B number

大腸菌K-12株MG1655亜株に対してBlattner研究室で割り当てた遺伝子のアクセション番号

Gene name K-12

大腸菌K-12株での遺伝子名

Locus name K-12

大腸菌K-12株での遺伝子座名

Synonyms of locus names K-12

大腸菌K-12株での遺伝子座名の別名

Solubility (%)

タンパク質の可溶率 (単位: %)

Yield (uM)

タンパク質の収量 (単位: μM)

Yield (ug/ml)

タンパク質の収量 (単位: μg/ml)

Minus Sol (%)

シャペロン非存在下でのタンパク質の可溶率 (単位: %) シャペロン効果の評価のために再度定量した値

TF Sol (%)

TF存在下でのタンパク質の可溶率 (単位: %)

GroE Sol (%)

GroE存在下でのタンパク質の可溶率 (単位: %)

KJE Sol (%)

KJE存在下でのタンパク質の可溶率 (単位: %)

Minus Yield (uM)

シャペロン非存在下でのタンパク質の収量 (単位: μM)

TF Yield (uM)

TF存在下でのタンパク質の収量 (単位: μM)

GroE Yield (uM)

GroE存在下でのタンパク質の収量 (単位: μM)

KJE Yield (uM)

KJE存在下でのタンパク質の収量 (単位: μM)

Minus Yield (ug/ml)

シャペロン非存在下でのタンパク質の収量 (単位: μg/ml)

TF Yield (ug/ml)

TF存在下でのタンパク質の収量 (単位: μg/ml)

GroE Yield (ug/ml)

GE存在下でのタンパク質の収量 (単位: μg/ml)

KJE Yield (ug/ml)

KJE存在下でのタンパク質の収量 (単位: μg/ml)

Calculated MW (kDa)

タンパク質の分子量 (単位: kDa)

Calculated pI

タンパク質の等電点

Type of gene product

GenoBase において割り当てられた遺伝子産物のタイプ(タイプの説明は、こちらのページを参照)

Gene product description

GenoBase における遺伝子産物の説明

Cell location

細胞における局在部位

Structure (PDB) ID

GenoBase で割り当てられたPDB ID

SCOP assignment

GenoBase で割り当てられたSCOPでの構造分類