HeliscopeCAGE sequencing, Delve mapping and CAGE TSS aggregation
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Data name
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HeliscopeCAGE sequencing, Delve mapping and CAGE TSS aggregation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc01389-001.V003 |
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Description of data contents
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Time course and snapshot data by HeliScopeCAGE "basic" directory contains the following: <strong>Subdirectories with "CAGEScan" in end (only human)</strong> <dl><dt>00_.assay_sdrf.txt:</dt><dd>Experimental information for each sample (tab-delimited text)</dd><dt>*.bam:</dt><dd>Binary read mapping results (BAM format)</dd><dt>*.bam.bai:</dt><dd>Indexes of BAM files</dd><dt>*.3prime.fq.gz:</dt><dd>3' sequences in CAGEscan tags (FASTQ format)</dd><dt>*.5prime.fq.gz:</dt><dd>5' sequences in CAGEscan tags (FASTQ format)</dd><dt>*.clusters.bed.gz</dt><dd>Clustering results with CAGEscan (standard BED12 format). 4th column shows the CAGE tag name that represents the cluster and 5th column shows the number of pairs that constitute the cluster.</dd><dt>*.pairs.bed.gz</dt><dd>Read pairs mapped with CAGEscan (standard BED12 format). 4th column shows the pair's name and 5th column shows the total mapping quality value of reads.</dd></dl> <strong>Subdirectories expect above</strong> <dl><dt>00_.assay_sdrf.txt:</dt><dd>Experimental information for each sample (tab-delimited text)</dd><dt>*.bam:</dt><dd>Binary read mapping results (BAM format)</dd><dt>*.bam.bai:</dt><dd>Indexes of BAM files</dd><dt>*.ctss.bed.gz:</dt><dd>TSS (CTSS) identified by CAGE tag analysis (BED format)</dd><dt>*.rdna.fa.gz:</dt><dd>rDNA sequences (FASTA format)</dd></dl> | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Data file
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File name :
fantom5_experimental_details.zip
File URL :
File size :
273 KB
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Simple search URL
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http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/fantom5_experimental_details#en | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Data acquisition method
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Data analysis method
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HeliScopeCAGE (http://fantom.gsc.riken.jp/protocols/heliscope.html)
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Number of data entries
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| Data detail | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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