解析方法 | 実験によって取得された相互作用の信頼度の指標として、酵母蛋白質とその相互作用についての文献情報等を、 YPD(Yeast Proteome Database, Costanzo, M. C., Hogan, J. D., Cusick, M. E., Davis, B. P., Fancher, A. M., Hodges, P. E., Kondu, P., Lengieza, C., Lew-Smith, J. E., Lingner, C., et al. (2000) Nucleic Acids Res. 28, 73-76.)等から収集し記載している。 |
項目名 | 項目の説明 |
Bait ORF |
BaitのORF名、SGD(Saccharomyces Genome Database;http://www.yeastgenome.org/) におけるSystematic Name |
Bait gene name |
Baitの遺伝子名、SGDにおけるStandard Name |
Bait description |
Baitのアノテーション、SGDにおけるDescription |
Rows with this bait as bait |
このBait ORFをBait ORFとして持つ行(相互作用)の数、検索結果へのリンク(TogoDBのみ) |
Rows with this bait as prey |
このBait ORFをPrey ORFとして持つ行(相互作用)の数、検索結果へのリンク(TogoDBのみ) |
Prey ORF |
PreyのORF名、SGD(Saccharomyces Genome Database;http://www.yeastgenome.org) におけるSystematic Name |
Prey gene name |
Preyの遺伝子名、SGDにおけるStandard Name |
Prey description |
Preyのアノテーション、SGDにおけるDescription |
Rows with this prey as prey |
このPrey ORFをPrey ORFとして持つ行(相互作用)の数、検索結果へのリンク(TogoDBのみ) |
Rows with this prey as bait |
このPrey ORFをBait ORFとして持つ行(相互作用)の数、検索結果へのリンク(TogoDBのみ) |
Literature on bait(YPD) |
Baitに関する文献数、YPD(Yeast Proteome Database)(*2)か ら取得 |
Literature on prey(YPD) |
Preyに関する文献数、YPDから取得 |
Literature shared by bait and prey |
Bait,Preyに関して共通する文献数、YPDから取得した文献数に基づき計算 |
Literature sharing score |
PreyとBaitで、文献中の共起に関するスコアを計算式に基づき計算 スコアの計算式:
|
CuraGen(0 or 1) |
CuraGenによる調査(0または1)、Uetz et al.(*3)か ら取得 |
S. Fields(0 or 1) |
S.Fieldsによる調査(0または1)、Uetz et al.から取得 |
Association(0 or 1,YPD) |
会合(0または1)、YPDから取得 |
Complex (0 or 1,YPD) |
複合体形成(0または1)、YPDから取得 |
Synthetic lethality(0 or 1,YPD) |
合成致死性(0または1)、YPDから取得 |
Co-induced by(YPD) |
両遺伝子の発現を誘導する因子、YPDから取得 |
Co-repressed by(YPD) |
両遺伝子の発現を抑制する因子、YPDから取得 |
Not affected by(YPD) |
これらの遺伝子の発現に影響のない因子、YPDから取得 |
Interologs |
相互作用するタンパク質の対他生物種のオーソログ間に存在するインタラクションの数、Database of Interacting Proteins(*4)か ら取得 |
Expression similarity (BRITE) |
KEGG BRITE(*5)か らの取得した発現データ。(値が0.9以上の高いもののみ) |
Alternative path with 1 intervening protein |
一つの中間蛋白質を介したこの相互作用以外のパスの数をフルデータから計算 |
Alternative path with 2 intervening proteins |
二つの中間蛋白質を介したこの相互作用以外のパスの数をフルデータから計算 |
IST hit |
Interaction Sequence Tags(IST)のヒット数(相互作用の検出数、再現性の指標) |
IST hit in the opposite bait/prey orientation |
BaitとPreyが反転した組み合わせのIST hitの数 |
*1 A comprehensive two-hybrid analysis to explore the yeast protein interactome., Costanzo MC, Hogan JD, Cusick ME, Davis BP, Fancher AM, Hodges PE, Kondu P, Lengieza C, Lew-Smith JE, Lingner C, Roberg-Perez KJ, Tillberg M, Brooks JE, Garrels JI., Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):73-6. *2 The yeast proteome database (YPD) and Caenorhabditis elegans proteome database (WormPD): comprehensive resources for the organization and comparison of model organism protein information., Costanzo MC, Hogan JD, Cusick ME, Davis BP, Fancher AM, Hodges PE, Kondu P, Lengieza C, Lew-Smith JE, Lingner C, Roberg-Perez KJ, Tillberg M, Brooks JE, Garrels JI., Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):73-6. *3 A comprehensive analysis of protein-protein interactions in Saccharomyces cerevisiae., Uetz P, Giot L, Cagney G, Mansfield TA, Judson RS, Knight JR, Lockshon D, Narayan V, Srinivasan M, Pochart P, Qureshi-Emili A, Li Y, Godwin B, Conover D, Kalbfleisch T, Vijayadamodar G, Yang M, Johnston M, Fields S, Rothberg JM., Nature. 2000 Feb 10;403(6770):623-7. *4 DIP: the database of interacting proteins., Xenarios I, Rice DW, Salwinski L, Baron MK, Marcotte EM, Eisenberg D., Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):289-91. *5 KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes., Kanehisa M, Goto S., Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):27-30.
|