tRNA配列、アノテーション及びキュレーションのデータ

データ説明

データ名:

tRNA配列、アノテーション及びキュレーションのデータ

データ内容の説明:

tRNAの探索結果、キュレーションのデータ。tRNA 遺伝子の探査は、3 種の予測プログラム（tRNAScan-SE, Aragorn, tRNAfinder）を併用し、予測結果が一致しない場合には、エキスパートによる精査を行った。
判定結果には以下の３種の判定が使用される。
- reliable tRNA gene　 (オリジナルサイトでは○）
- ambiguous case　（オリジナルサイトでは△）
- not tRNA gene　（オリジナルサイトでは×）

取得元によってデータのタイプが4種に分類され、それぞれの内訳は以下の通り。
- Complete genome: 42,645件
- Draft genome (Whole Genome Shotgun sequence data, WGS): 33,383件
- Environmental sample (ENV): 95,154件
- Virus: 961件

データ件数は、合計172,143件。 CSV形式のテキストファイル。

データファイル:

データファイル名:	trnadb_ce.zip
データのURL:	ftp://ftp.dbcls.jp/archive/trnadb_ce/LATEST/trnadb_ce.zip
ファイルサイズ:	9MB

簡易検索URL:

http://togodb.biosciencedbc.jp/trnadb_ce

データ取得方法:

解析方法:

データ件数:

172,143件

データ詳細

項目名	項目の説明
Data type	取得したデータのタイプ。"Complete genome", "Draft genome (Whole Genome Shotgun sequence data, WGS)", "Environmental sample (ENV)" ,"Virus"の４種に分類される。
Sequence ID	配列ID
Genome ID	ゲノムID (DDBJ GIBのゲノムIDを利用)
Phylum/Class	系統名
Species	生物種名
Start position	ゲノム上でのtRNA遺伝子開始位置
End position	ゲノム上でのtRNA遺伝子終了位置
Direction	ゲノム上でのtRNA遺伝子の向き
Amino Acid	アミノ酸タイプ
Anticodon	アンチコドン
1st Intron start position	第1イントロンの挿入開始位置
1st Intron end position	第1イントロンの挿入終了位置
Seq	tRNA配列
Upstream seq.	tRNA遺伝子上流配列(10bp)
tRNA1-7	tRNA遺伝子クローバ葉2次構造(*1) の１から７のtRNA遺伝子配列
tRNA8-9	tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の８から９のtRNA遺伝子配列
tRNA10-13	tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の１０から１３のtRNA遺伝子配列
tRNA14-21	tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の１４から２１のtRNA遺伝子配列
tRNA22-25	tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の２２から２５のtRNA遺伝子配列
tRNA26	tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の２６のtRNA遺伝子配列
tRNA27-31	tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の２７から３１のtRNA遺伝子配列
tRNA32-38	tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の３２から３８のtRNA遺伝子配列
tRNA39-43	tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の３９から４３のtRNA遺伝子配列
tRNA44-48	tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の４４から４８のtRNA遺伝子配列
tRNA49-53	tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の４９から５３のtRNA遺伝子配列
tRNA54-60	tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の５４から６０のtRNA遺伝子配列
tRNA61-65	tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の６１から６５のtRNA遺伝子配列
tRNA66-72	tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の６６から７２のtRNA遺伝子配列
tRNA73-76	tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の７３から７６のtRNA遺伝子配列
Downstream seq.	tRNA遺伝子下流配列(10bp)
1st Intron seq.	第1イントロン配列
2nd Intron start position	第2イントロン挿入開始位置
2nd Intron end position	第2イントロン挿入終了位置
2st Intron seq.	第2イントロン配列
Decision from Dr. Muto	判定結果1 (武藤先生)
Decision from Dr. Inokuchi	判定結果2 (井口先生)
Decision from Dr. Yamada	判定結果3 (山田先生)
Comment of Dr. Muto	コメント1 (武藤先生)
Comment of Dr. Inokuchi	コメント2 (井口先生)
Comment of Dr. Yamada	コメント3 (山田先生)
Final decision	最終判定結果
Comments	コメント
Original database	ゲノム配列の取得元情報

*1tRNA遺伝子クローバ葉2次構造上の共通ポジション別に登録。共通ポジションについては、http://trna.nagahama-i-bio.ac.jp/trnadb/tRNA_structure.jpgを参考。)

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