各種トポロジー予測法の性能検証結果

データ説明

データ名

各種トポロジー予測法の性能検証結果

DOI

10.18908/lsdba.nbdc00973-007

データ内容の説明

膜貫通トポロジーモデルのα構造, Non-redundantセット231件を用いて、各種膜貫通部位予測法の性能を検証した。これらの結果を組み合わせた予測手法Conpred Ⅱの結果をConsensus項目に示している。検証の対象とした予測法は、KKD, Tmpred, TopPred II, DAS, TMAP, MEMSAT 2, SOSUI, PRED-TMR2, TMHMM 2.0, HMMTOP 2.0の10種類。SWISS-PROT形式ファイル。リリース6.3。

データファイル

データファイル名:

TMPDB_alpha_nr_PR.dat.gz

データのURL:

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/tmpdb/LATEST/TMPDB_alpha_nr_PR.dat.gz

ファイルサイズ:

220

簡易検索URL

データ取得方法

解析方法

各種予測プログラムにより計算した。

データ件数

231件

データ詳細

項目名	項目の説明
ID	UniProt ID
AC	UniProt AC
NO	参考文献の番号
DT	TMPDBエントリーの作成日と最終更新日
DE	タンパク質の名称・説明
GN	遺伝子名
OS	生物種
OG	遺伝子がコードされているオルガネラ
OC	生物種分類
ME	細胞内局在部位
RN	参考文献の通し番号
RX	参考文献のPubMed ID
RA	参考文献の著書名
RT	参考文献のタイトル
RL	参考文献のジャーナル名
DR	参考にした各データベースのエントリー
EM	トポロジー決定に用いた実験手法
SS	構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例：aquaporin 1) の3つに分類。
NS	膜貫通セグメントの数
TP	トポロジー (N, C末端の膜に対する向き)
FT	TRANSMEM・・・膜貫通セグメントの判定結果 SIGNAL, DOMAINなどその他・・・シグナル配列やドメインなどの配列情報 CONFLICT・・・データベース間でのアミノ酸配列の相違
PM	予測法の名称
SS	アミノ酸配列
//	エントリーの末尾

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