Genes (including RNA editing information)

データ名

Genes (including RNA editing information)

DOI

データ内容の説明

イネミトコンドリアゲノムの遺伝子情報の一覧データです。
ORF (Open Reading Frame)や、転写、RNA編集についての情報も記載しています。

データファイル

データファイル名:

rmg_gene.zip

データのURL:

ファイルサイズ:

3 KB

簡易検索URL

データ取得方法

本データベース中の「Entire Sequence」データ

解析方法

インターネットに公開されたDNAデータベースとのBLASTN, BLASTXアルゴリズムによる相同性検索、および、tRNAscan-SEプログラムを使った遺伝子予測を実施。
反復配列の解析にはREPuterを使用。

データ件数

81 件

項目名	項目の説明
Gene	遺伝子 ccmC, ccmFn, ccmFc, ccmB の各名称は、Faivre-Nitschke et al. (2001) の提案による。
Comment	コメント
Transcription	転写 nt: テストしていない T: 転写される N: 転写されない
Editing site	編集部位 nt: テストしていない N: 転写されない空欄: tRNA遺伝子または偽tRNA遺伝子（データ「tRNA」参照）
Previous reports on editing sites	編集部位の引用元文献
Strand	ストランド S: センス鎖 A: アンチセンス鎖
exon1 start	エキソン1の開始点
exon1 end	エキソン1の終結点
exon2 start	エキソン2の開始点
exon2 end	エキソン2の終結点
exon3 start	エキソン3の開始点
exon3 end	エキソン3の終結点
exon4 start	エキソン4の開始点
exon4 end	エキソン4の終結点
exon5 start	エキソン5の開始点
exon5 end	エキソン5の終結点

このデータベースについて