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このデータベースについて

Genes (including RNA editing information)

データ説明
データ名
Genes (including RNA editing information)
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00193-003
データ内容の説明
イネミトコンドリアゲノムの遺伝子情報の一覧データです。 ORF (Open Reading Frame)や、転写、RNA編集についての情報も記載しています。
データファイル
データファイル名 :
rmg_gene.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
3 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rmg_gene
データ取得方法

本データベース中の「Entire Sequence」データ

解析方法

インターネットに公開されたDNAデータベースとのBLASTN, BLASTXアルゴリズムによる相同性検索、および、tRNAscan-SEプログラムを使った遺伝子予測を実施。
反復配列の解析にはREPuterを使用。

データ件数

81 件

データ詳細
項目名 項目の説明
Gene

遺伝子
ccmC, ccmFn, ccmFc, ccmB の各名称は、Faivre-Nitschke et al. (2001) の提案による。

Comment

コメント

Transcription

転写nt: テストしていないT: 転写されるN: 転写されない

Editing site

編集部位nt: テストしていないN: 転写されない空欄: tRNA遺伝子または偽tRNA遺伝子(データ「tRNA」参照)

Previous reports on editing sites

編集部位の引用元文献

Strand

ストランドS: センス鎖A: アンチセンス鎖

exon1 start

エキソン1の開始点

exon1 end

エキソン1の終結点

exon2 start

エキソン2の開始点

exon2 end

エキソン2の終結点

exon3 start

エキソン3の開始点

exon3 end

エキソン3の終結点

exon4 start

エキソン4の開始点

exon4 end

エキソン4の終結点

exon5 start

エキソン5の開始点

exon5 end

エキソン5の終結点