このデータベースについて

DNAマーカー統計情報

データ説明

データ名

DNAマーカー統計情報

DOI

10.18908/lsdba.nbdc00318-01-001

データ内容の説明

イネ連鎖地図作成に使用されたDNAマーカーの統計情報

データファイル

データファイル名 :

rgp_gmap_main.zip

データのURL :

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/rgp-gmap/LATEST/rgp_gmap_main.zip

ファイルサイズ :

1 KB

簡易検索URL

http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rgp_gmap_main

データ取得方法

遺伝的連鎖地図作成に関連する数値データ

解析方法

各染色体上のマップを作るために使用したクローン、マーカーの数を種類ごとにまとめました。また、解析に用いたMAPMAKER/EXP 3.0 のエラー検出に関する結果をまとめました。マップ作成の際にMAPMAKER/EXP 3.0によって検出された全エラー候補については、genotype segregationやサザンハイブリダイゼーションによって再確認しました。大部分の残ったエラー候補は、ヘテローホモーヘテロの並んだ形質に由来するため、マップ上の距離はエラー検出オフモードで算出しました。

データ件数

13 件

データ詳細

項目名	項目の説明
Chrom. No.	染色体番号 (簡易検索サイトでは、染色体番号から該当のDNAマーカー詳細情報へリンク。イメージファイル名から該当染色体のマップへリンク。）
No. of callus cDNA clones	カルスcDNAクローンの数
No. of root cDNA clones	根cDNAクローンの数
No. of random genomic clones	ランダムなゲノムクローンの数
No. of NotI-linking clones	NotI-linkingクローンの数
No. of YAC end clones	YACエンドクローンの数
No. of telomere-associated clones	テロメアに関連したクローンの数
No. of RAPD markers	RAPDマーカーの数
No. of STS markers	STSマーカーの数
No. of wheat clones	小麦クローンの数
No. of other clones	他のクローンの数
Total marker number	総マーカー数
Total length in error detection off mode	MAPMAKER/EXPのエラー検出オフモードでのKosambiマップ関数による全長
Total length in error detection on mode	MAPMAKER/EXPのエラー検出オンモードでのKosambiマップ関数による全長
Difference between error detection on and off mode (cM)	エラー検出オンモードとオフモードでの違い (cM)
Difference between error detection on and off mode (%)	エラー検出オンモードとオフモードでの違い (%)
No. of candidate errors by MAPMAKER/EXP	MAPMAKER/EXP 3.0によるエラー候補の数
Total number of observed genotypes	マップ計算のために観測された遺伝子型の総数
Average number of observed genotypes per marker	マーカーごとに観測された遺伝子型の数の平均