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このデータベースについて

イネESTマッピング結果の統計情報

データ説明
データ名
イネESTマッピング結果の統計情報
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00318-04-001
データ内容の説明
各染色体ごとのイネESTマッピング結果の概要。 地図は、6421のユニークな配列から設計された6591個のEST部位を有する364個のYACコンティグを含む、2782個のYACクローンで構成され、イネのゲノムの80.8%をカバーしています。
データファイル
データファイル名 :
rgp_estmap2001_main.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
597 B
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rgp_estmap2001_main
データ取得方法

YACベースのイネ転写産物地図作成に関連する数値データ

解析方法

各染色体ごとのイネESTマッピングを作るために使用したYACクローン、YACコンティグの数を種類ごとにまとめました。また、カバレッジ、平均EST密度を算出しました。

データ件数

14 件

データ詳細
項目名 項目の説明
Chrom. No.

染色体番号(UN: Chromosome unknown)

YAC Clones

YACクローンの数

YAC Contigs

YACコンティグの数

Total Length of YAC Contigs (Mb)

YACコンティグの全長 (Mb)

Coverage (%)

カバー率「YACコンティグの全長(Mb)/(染色体の遺伝子長(cM) X 430(Mb)/1,530.4(cM)) X 100」で算出。

EST Sites

EST部位の数

Ave EST Density (EST/100 kb)

平均EST密度 (EST/100 kb)。「EST数/YACコンティグの全長」で算出。

Contig Image File

染色体分布図の画像ファイル名